[cryspy] 新規パッケージ追加（#155 候補: 結晶構造探索, ohtaka 検証済み）

[k-yoshimi]

概要

Refs #155（2024年度追加候補の1つ）

CrySPY 1.4.3（結晶構造探索, Python）を apps/cryspy として追加します。pip ベースなので既存の physbo/py2dmat と同じパターン（PYTHONPATH 対応の vars 生成）に乗せています。

構成

• 取得: CrySPY の GitHub リリースソース（archive/refs/tags/v1.4.3.tar.gz）を取得し、pip install ./ で prefix へ導入
• 依存の NumPy ABI 対策: install.sh は numpy<2 と pandas<2.2 を同一解決パスで固定。CrySPY は pyshtools 等のコンパイル済み依存を牽引し、それらは NumPy 1.x 向け wheel を配布するため、固定しないと NumPy 1.x/2.x の wheel が混在し cryspy コマンドが import 時に ABI エラー（Cannot convert numpy.ndarray to numpy.ndarray）で落ちます。両制約でスタック全体を NumPy 1.x ABI に揃えています
• Python 3.9〜3.12 が前提（pyshtools の wheel が揃うバージョン）。EOL の 3.8 や新しすぎる版は pyshtools がソースビルドに落ちて fftw3/openblas を要求し失敗する旨を README(en/ja) に明記
• runtest: import cryspy と cryspy コマンドの起動（Start CrySPY 1.4.3 バナー）を確認

検証（ISSP ohtaka, Python 3.9 で実施）

インストーラの通しフローを ohtaka で実機実行し end-to-end で成功:

SETUP OK
INSTALL_EXIT=0
import cryspy OK 1.4.3
cryspy started OK

Test Passed.

（検証の過程で、Python 3.8 では pyshtools のソースビルドが fftw3 を要求して失敗、numpy を単純に下げると pandas が NumPy2 wheel のままで ABI エラー、という 2 つの落とし穴を特定し、numpy<2 pandas<2.2 の同時固定で解決しました。）

補足

• CrySPY 自体は探索の制御のみで、実際の構造予測には本インストーラの QE/OpenMX 等のエネルギー計算コードと cryspy.in が必要です（README に明記）。
• 2024年度追加候補 #155 の他候補（TurboGenius, TurboRVB）は別 PR で順次対応予定です。

🤖 Generated with Claude Code

[k-yoshimi]

AI レビューサイクル結果（Codex + Antigravity）

本 PR に対して ai-review-cycle（Phase 1: Codex / Phase 2: Antigravity）を実施しました。

Phase 1 — Codex（コード correctness）

• must_fix: なし
• should_fix（1件、対応済み）: apps/cryspy/test/test.sh のスモークテストが cryspy > cryspy.out 2>&1 || true で全ての非ゼロ終了をマスクしており、(a) バナー表示後の想定外失敗を取りこぼす、(b) 将来 cryspy が入力待ちでブロックした場合にハングする、という指摘。
  → timeout（利用可能な場合）で起動を保護し、124（タイムアウト）は明示的に失敗させるよう修正。cryspy.in 無しでの想定内の early exit は引き続き許容し、Start CrySPY バナーの検証は維持。

Phase 2 — Antigravity（ドキュメント / ワークフロー）

• must_fix_docs: なし
• should_fix / workflow_risk（対応済み）:
  • cryspy が GitHub Actions の CI マトリクスに無い → .github/workflows/main.yml の app マトリクスに cryspy を追加。
  • Sphinx appendix に cryspy が未登録 → en/ja 双方の appendix/index.rst の toctree に追加し、README_cryspy.rst（MIT / 公式ページ / MateriApps app/1072）を新規作成。
• 対応を見送った項目（理由付き）:
  • docs/sphinx/table/apps.csv への追加 → 同表は intel/macos/gcc のコンパイラ互換性マトリクスであり、pip パッケージ（physbo・py2dmat も同様に未掲載）には整合しないため対象外とした。

動作確認

物性研 ohtaka（Python 3.9）で setup → install → link → runtest を実機確認済み：import cryspy OK 1.4.3 / cryspy started OK / Test Passed。

Codex の must_fix・Antigravity の must_fix_docs はいずれも無く、指摘は上記のとおり対応済みのため収束と判断します。