refactor: classify isotype before EU-numbered Fc allotype detection

[partrita]

변경 요약

constant-domain 분석 순서를 다음과 같이 명확하게 분리했습니다.

1. Isotype 우선 판정: CH1/N-terminal constant-region signature를 사용해 IgG/IgA/IgM/IgE/IgD 또는 Kappa/Lambda를 먼저 결정합니다.
2. Subclass 판정: 선택된 isotype 안에서만 C-gene reference를 비교하여 IgG1/2/3/4 등의 subclass를 결정합니다.
3. EU numbering 기반 allotype 판정: 선택된 subclass의 C-domain을 reference sequence와 global alignment한 뒤, allotype marker의 eu_position을 canonical 좌표로 사용해 query 위치를 찾습니다. Fc(CH2/CH3)의 G1m/G2m/G3m/G4m marker도 더 이상 raw subclass_offset으로 직접 찾지 않습니다.

주요 구현

• src/abcat/cdomain.py
  • isotype/subclass 매칭 로직 분리
  • explicit EU reference origin 추가
    • IgG1/2/3/4: EU 118
    • IgE: EU 99
    • IGKC: EU 109
  • allotype 결과의 matched_residues는 EU_214, EU_356 같은 canonical 좌표를 사용
  • legacy subclass_offset은 allotype lookup에서 사용하지 않음
  • marker를 관찰할 수 없는 경우 absent와 구분해 inconclusive 반환
• tests/test_cdomain_eu.py
  • isotype → subclass 순서 검증
  • legacy subclass_offset를 제거해도 EU position만으로 G1m17이 올바르게 검출되는지 검증

기존 G1m17/G1m1 및 engineered antibody 테스트와 호환되도록 기존 marker 데이터 형식은 유지했습니다.