OmicPath/requirements.txt at main · moebouassida/OmicPath · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
# ── Core ──────────────────────────────────────────────────────────────────────
torch>=2.2.0
torchvision>=0.17.0
numpy>=1.26.0
scipy>=1.12.0

# ── Model & Training ──────────────────────────────────────────────────────────
huggingface_hub>=0.21.0
pyyaml>=6.0
h5py>=3.10.0
pandas==2.2.3
scikit-learn>=1.4.0
lifelines>=0.27.0

# ── WSI Processing ────────────────────────────────────────────────────────────
openslide-python>=1.3.0

# ── API ───────────────────────────────────────────────────────────────────────
fastapi>=0.110.0
uvicorn[standard]>=0.29.0
python-multipart>=0.0.9
pydantic>=2.6.0
requests>=2.31.0

# ── LLM ───────────────────────────────────────────────────────────────────────
openai>=1.0.0

# ── Middleware ────────────────────────────────────────────────────────────────
medical-ai-middleware[all] @ git+https://github.com/moebouassida/medical-ai-middleware.git
slowapi>=0.1.9
prometheus-client>=0.20.0
boto3>=1.34.0

# ── Gradio Demo ───────────────────────────────────────────────────────────────
python-dotenv>=1.0.0
gradio>=4.26.0
matplotlib>=3.8.0
Pillow>=10.2.0

# ── Experiment Tracking ───────────────────────────────────────────────────────
wandb>=0.16.0

# ── Dev / Testing ─────────────────────────────────────────────────────────────
pytest>=8.0.0
pytest-cov>=5.0.0
ruff>=0.3.0
black>=24.0.0
mypy>=1.9.0
types-PyYAML>=6.0.0