OmicPath/.gitignore at main · moebouassida/OmicPath · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
# ── Python ────────────────────────────────────────────────────────────────────
__pycache__/
*.py[cod]
*.pyo
*.egg-info/
.eggs/
dist/
build/
.pytest_cache/
.mypy_cache/
.ruff_cache/

# ── Environments ──────────────────────────────────────────────────────────────
venv/
.venv/
.env
*.env

# ── Patient data — NEVER commit ───────────────────────────────────────────────
data/svs/
data/wsi_features/
data/rna/raw/
data/rna/TCGA-BRCA*
data/rna/processed/
data/rna/survival.csv
*.probemap
*.xena
*.svs
*.ndpi
*.tiff
*.tif
*.h5
*.hdf5

# ── Model weights — mount at runtime, store on HF Hub ─────────────────────────
checkpoints/*.pt
checkpoints/*.pth
checkpoints/*.bin

# ── Logs & results ────────────────────────────────────────────────────────────
logs/
results/
wandb/
*.wandb

# ── IDE ───────────────────────────────────────────────────────────────────────
.vscode/
.idea/

# ── OS ────────────────────────────────────────────────────────────────────────
.DS_Store
Thumbs.db