Input Daten

3 Dateien:

1) Phänotypdatei im Plink-Format (http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/data.shtml#ped)

Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female; other=unknown) Phenotype Genotypes (column 7 onwards)

Für 8000 Marker hat diese Datei also 2*8000 + 6 Spalten, benötigt werden aber nur die ID (2. Spalte) und der Phänotyp (6. Spalte), der rest kann weg.

Alternative: Datei reduziert auf die ersten 6 Spalten (sollten alle späteren Anwender können)

2) Haplotypendatei im ent-Format (siehe mammastu.ent.chr.22.hap)

3) Optional: Map-Datei von plink (http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/data.shtml#map)
Diese Daten werden erstmal nicht zur Berechnung verwendet. Später werden diese Daten benutzt um das sharing mit der Länge der Intervalle zu gewichten.

3.1 Anforderungen an diese Datei (dem Anwender überlassen)
i) Chromosomspezifisch (passend zur Haplotypendatei)
ii) soll nur die Positionen enthalten, die verwendet werden, in der richtigen Reihenfolge

Die Anzahl der Positionen muss der Anzahl der Positionen in der Haplotypendatei entsprechen

3.2 Format
4 Spalten:
chromosome (1-22, X, Y or 0 if unplaced)
rs# or snp identifier
Genetic distance (morgans)
Base-pair position (bp units)