Refactor homogenized filtering and config policy

[luigilcsilva]

• reorganize param config into run, filters, output, preparation, and diagnostics sections
• add instrument_type_homogenized and object_type_homogenized input filters
• apply homogenized filters during preparation and fail only when all inputs are emptied
• always create homogenized columns internally and add configurable output retention
• remove tie_result=3 participation semantics from deduplication
• move diagnostics/preparation settings out of flags_translation.yaml
• keep scientific translation schema in flags_translation.yaml and require core science keys
• add fallback warnings for optional scientific settings missing from flags_translation.yaml
• preserve legacy flat config compatibility through normalization/migration
• support formatted JSON output from python config.py
• expand tests for filters, homogenized output policy, translation validation, and empty-input handling

[luigilcsilva]

@gschwend Apliquei as ideias que discutimos hoje, sobre a eliminação do tie_result 3 e aplicação dos filtros sempre no início. Depois podemos ajustar os defaults, se necessário. Ainda terá a tarefa futura de ajuste do frontend também.

@crisingulani Eu mexi bastante na configuração (config.py, config.template.yaml...). Não tenho certeza de como será a interação disso com o frontend, então o seu olhar sobre a configuração será importante. Nesse primeiro momento minha preocupação é só se o que já funcionava e já está implementado no frontend vai continuar funcionando. Não estou pensando em campos/opções novas. Ah, eu acho que consegui consertar a formatação do json gerado por python config.py, para evitar de a gente ter que ir no https://jsonformatter.curiousconcept.com/# formatar. Acho que agora já vai sair bem formatado no terminal.

[gschwend]

vou precisar de ajuda para testar