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GFP亮度预测(华工生院贝克曼杯)

这是我第一次使用 PyTorch 编写神经网络模型。项目目标是基于 GFP 序列预测其荧光亮度。

📁 项目结构

  • GFP_sequences.fasta:包含 GFP 蛋白质序列的 fasta 文件
  • gfp_model1.pt:训练得到的 PyTorch 模型文件
  • 技术报告_碱基配对.ipynb:实验分析的 Jupyter Notebook
  • .gitignore:Git 忽略配置文件

🚧 当前进展

  • ✅ 模型已完成初步搭建与训练
  • 🧠 使用了双向 LSTM + 简单注意力机制
  • 📉 目前模型拟合能力一般,预测效果还有待优化,对于主办方的排序需求实现不好

? 当前疑惑

  • 实现效果不如主办方的MLP

🔭 后续计划

  • 尝试改进模型结构(如加入卷积层或 transformer)
  • 增加数据量,优化特征编码方式
  • 添加更多评估指标,深入分析训练效果
  • 进行模型可视化分析

本项目仅为学习用途,欢迎指正与建议 🙌

About

Predicting GFP fluorescence brightness from protein sequences using deep learning with PyTorch.

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