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Paperico 是什么

Paperico 是一款 macOS 原生论文精读应用。导入 PDF，用 MinerU 恢复结构，然后原文与译文对照 阅读，配合逻辑链大纲、方法卡片和随手可跳转的原始 PDF。提问时可附带选段、方法或图表， 回答中的有效 block 引用会直接定位到对应证据。

论文库保存在你自己的沙盒中，API Key 存于 macOS 钥匙串，App 直连你配置的服务。 本地优先、自带 Key、无中转服务器。

核心差异

普通 PDF 阅读器优化的是"看清一份文档"；Paperico 把论文重组为带稳定 id 的类型化分块 逻辑链——大纲、译文、对话引用、方法卡片和批注共用同一套坐标。

• 读的是结构，不是页面。 MinerU 恢复标题、段落、图表、公式及其版面位置，出版元信息 与参考文献被分离出正文链。你在重排版的双语精读面上阅读（衬线正文、离线 KaTeX）， 旁边是逻辑链大纲，每次跳转都精确落到原文段落或 PDF 区域。
• 全文翻译，与原文对齐。 短论文使用一次流式 LLM 请求；长论文分段翻译，完成后再 结合全文生成 TL;DR、核心贡献、难度估计与方法索引。严格校验节点编号、原文开头与完整性； 已完整保存的响应可本地恢复，无需调用模型。手动继续中断的长文任务时复用已校验分段， 只生成尚未完成的部分。
• 回答钉在证据上。 选中文本、图表或方法卡作为上下文提问；回答中的 block 引用可以 直接跳回来源段落，或在原始 PDF 中闪烁定位。方法实体跨整个论文库归并为你可持续整理的 持久分组——可改名、可跨组拖动、可删除——而且每篇新论文都会参照你整理过的方法索引 进行分析，一张方法卡列出它出现的每一篇论文与每一处段落。
• 本地优先、自带 Key、为存续而设计。 管线支持云端任务断点续跑、排队任务不重新 上传、应用重启后的中断对账、按内容哈希去重与可恢复的回收站；本地文件保存在沙盒， 密钥保存在钥匙串；解析与 AI 请求会把内容直接发送给你配置的服务。
• 论文库会说 MCP。 在「设置 → MCP 连接」打开默认关闭的 localhost 服务，为任何支持 Streamable HTTP 的客户端提供 10 个只读工具 和每篇论文的资源：元数据、双语正文块、图像、方法索引与笔记。Bearer Token 存于 钥匙串，读取不触发任何付费调用，回收站内容对外部客户端封闭。

	PDF 阅读器 / 翻译插件	Chat-with-PDF 服务	Paperico
阅读面	固定页面，叠加翻译	片段查看器	重排版双语精读 + 原始 PDF，块级精确互跳
论文理解	—	单文件问答	TL;DR、贡献、难度、逻辑链、方法索引
问答证据	—	至多到页级	block 引用 → 段落或 PDF 区域
跨论文	—	—	全库归一的方法索引，驻留在可整理的持久分组
笔记	手工搬运	手工搬运	从选中回答合成为带双链的 Markdown
AI 代理访问	—	—	只读 MCP 服务器：10 个工具 + 论文资源，localhost + 钥匙串 Token
数据与模型	本地文件	厂商云	沙盒 + 钥匙串 + 你自己的端点

你能得到什么

• 论文库：项目分组、搜索、排序、多选移动、PDF 去重、批量导入逐文件错误报告。
• 任务管理：待处理与失败队列，支持停止、重新解析、复用段落重新翻译；配置就绪后新导入自动处理。
• 双语精读：原文与译文、逻辑链大纲、方法卡片、PDFKit 原文阅读与进度记忆。
• 证据问答：可附带选段、方法或图表；引用可定位到来源段落或 PDF 位置。
• 方法分组：跨论文方法索引驻留在持久分组中（8 个预设分组，支持跨组拖动、 重名校验）；你整理过的方法身份会指导新论文的分析。
• 笔记：选择对话生成 Markdown 笔记，支持导出。
• 回收站：删除后保留 PDF、解析结果、对话和笔记，可随时恢复，也可逐篇确认后永久删除。
• MCP：默认关闭的 localhost 只读服务，提供 10 个工具、证据块与图像；在设置中复制客户端配置。详见 连接说明。
• 原生桌面：Liquid Glass、深浅色外观、自定义强调色、离线公式渲染、带可选更新检查的关于页。

详见更新说明与仓库分析与架构说明。

运行

安装：从 最新 Release 下载 dmg 安装即可。本 app 未使用 Developer ID 签名或 Apple 公证；正式分发的签名选项见 macOS 开发说明。

从源码构建——需要 Xcode 26+；App 最低支持 macOS 15（26+ 呈现液态玻璃）；已验证环境为 macOS 27 / Xcode 27、Apple Silicon：

git clone https://github.com/juliusloon/paperico.git
cd paperico
./script/build_and_run.sh

脚本会构建并启动 App；若系统选中 Command Line Tools 而标准路径已安装 Xcode，脚本会 为本次构建自动选择 Xcode。也可以打开 macos/Paperico.xcodeproj，选择 Paperico → My Mac → Run。Codex 的 Run 按钮使用同一脚本。

首次使用：

1. 在论文库导入 PDF。尚未配置服务时，论文保留在本地，状态为待解析。
2. 在设置中保存 AI 模型的 Base URL、模型名与 API Key，测试连通性。
3. 配置 MinerU 云端 Token，或选择自己部署的本地 Gradio 服务。
4. 配置完成后，从处理任务页开始解析。
5. 阅读过程中点击回答的证据引用，可跳转到对应段落或 PDF 位置。
6. 可选：在「设置 → MCP 连接」开启只读服务，让外部助手读取论文库。

本地优先不等于离线 AI：使用云端 MinerU 会上传 PDF；模型端点会接收任务所需的论文文本和对话上下文。App 直连你配置的服务，Paperico 不提供中转服务器。

论文库问答（可选）

“允许对话参考论文库”默认关闭，关闭时对话只读取当前论文。开启后，助手可能按需把其他 论文的压缩摘要或原文块发送给你配置的模型服务；对话面板显示本轮查阅篇数与库内查询数。

在设置中测试连通性后，支持工具调用的模型可使用五个只读库内工具，最多执行 3 轮、8 次 工具调用；工具上下文合计最多 24,000 字符。工具无需开启 MCP，也不修改论文或笔记。 不支持或尚未验证工具能力的服务，使用本地关键词排序选取最多 4 篇论文的摘要，再发送一次 问答生成请求。若原先支持的服务拒绝工具，本轮显示错误，下一次提问改用兼容检索模式。

回答中的有效来源显示为论文、方法或证据引用；跨论文证据可从来源卡打开论文并定位，再返回 原对话。来源仅来自本轮实际提供给模型的内容。真实引用质量验收的启用方式见 评测说明，真实 PDF 和生成报告保留在本地。

从 Zotero 迁移

适用 Zotero 7–10：

1. 在 Zotero 选择集合，导出格式选 BibTeX。
2. 勾选 Export Files，保留 .bib 和附件 PDF 的目录结构。
3. 在 Paperico 论文库点击“从 Zotero 导出导入”，选择文件夹与目标项目。

导入读取本地文件，不联网、不修改 Zotero。已配对的导出元数据视为手动信息；重复 PDF 或标识符 会跳过，未配对条目与损坏附件会在摘要中列出。导入后若服务已配置，解析/分析仍按正常数据流调用服务。

工作原理

目录	职责
macos/Paperico/App/	启动、依赖注入、路由、主题和原生场景
macos/Paperico/Stores/	按设置、项目、论文、阅读和对话拆分的可观察状态
macos/Paperico/Core/	本地持久化、任务闸门、处理管线、服务客户端与 ZIP 读取
macos/Paperico/Pages/、Components/	页面、阅读器与通用控件
macos/Tests/、macos/Package.swift	不启动 UI、不调用外部服务的核心回归测试
script/	仓库级构建、启动、验证入口
docs/	架构与版本说明

数据与升级

App 沙盒中的数据根目录：

~/Library/Containers/com.paperico.native/Data/Library/Application Support/Paperico/
├── library.json          # 版本化项目、论文、去重索引与回收站记录
├── pdfs/                 # 原始 PDF
├── papers/<id>/          # blocks、entities、chat、notes JSON
├── mineru_output/<id>/   # 解析结果与图表
├── analyses/<id>/        # 分析原始响应
└── logs/                 # 可选诊断日志

服务配置、外观与进度在 UserDefaults；API Key 与 MinerU Token 在 macOS 钥匙串。 存储错误会明确显示，损坏或未知版本的索引不会被当作空库覆盖。

1.1.0 将论文库升级到 schema v2，迁移前自动保留索引备份。升级后的库不能由 1.0.x 打开；作者、年份、期刊和 DOI 在新解析完成后识别，已完成旧论文可通过右键或批量“识别元数据”回填；编辑条目可手动维护这些字段。

可读取原生迁移期间的无版本 JSON 索引。旧 Python 后端的 SQLite 论文库、Fernet 密钥和原生论文库仍是两份独立数据，目前不会自动转换；升级前请保留旧数据库和存储目录。 备份原生库时请复制整个数据根目录，包括回收站引用的数据；钥匙串凭据需要单独管理。

验证与打包

./script/check.sh                    # 原生核心测试 + 完整 App 构建
./script/check.sh --with-backend     # 加跑已有后端测试、lint 和 DTO 契约检查（退役快照存在时）
./script/build_and_run.sh --verify   # 构建、启动并确认进程运行
./macos/scripts/make_dmg.sh CODE_SIGN_STYLE=Manual CODE_SIGN_IDENTITY=- DEVELOPMENT_TEAM=

DMG 输出在 macos/build/。可在本地打包；仓库的 GitHub Actions 会运行 CI，并在推送版本标签时 构建 Release DMG，保留已上传的同名附件。默认构建使用临时签名，未经 Developer ID 签名或 Apple 公证；正式分发的签名 选项见 macOS 开发说明。

贡献约定见 CONTRIBUTING.md，安全说明见 SECURITY.md。

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