GeMTeX

Dieses Repositorium umfasst Arbeiten (v.a. Code) zum Projekt GeMTeX, die nicht gut im Projekt-Confluence abgelegt werden können.

averbis-custom-configs

Verschiedene Konfigurationen (json Format), mit denen AHD Pipelines angepasst werden können.

docker-compose-files

TODO

id_logik_recommender

(Als Docker Image verfügbar: docker pull ghcr.io/medizininformatik-initiative/gemtex/inception-idlogik-recommender:0.3.0)
Ein in java implementierter Recommender für INCEpTION als Schnittstelle zum IDLogik-Server.

inception-projects

Beinhaltet exportierte Basis-Projekte (also im Grunde Konfigurationen der Layer etc.) für INCEpTION, die von den einzelnen Standorten in ihre jeweilige INCEpTION-Instanz importiert werden können. Wenn nicht anders vermerkt, sind darin keine Dokumente vorhanden.

inception-reporting-dashboard

(Als Docker Image verfügbar: docker pull ghcr.io/medizininformatik-initiative/gemtex/inception-dashboard:0.9.5)
Das Dashboard generiert verschiedene Diagramme für ein INCEpTION-Projekt. In seiner aktuellen Form kann es vom Projektmanager vor Ort verwendet werden, um verschiedene Metriken bezüglich des Fortschritts des Projekts und der Art der Annotationen zu visualisieren. Diese können dann exportiert und an die zentrale Projektleitung geschickt werden. Die Projektleitung kann dann anhand des Dashboards den Fortschritt der Projekte an den unterschiedlichen Standorten vergleichen und nachvollziehen.

inception_ahd_recommender

(Als Docker Image verfügbar: docker pull ghcr.io/medizininformatik-initiative/gemtex/inception-ahd-recommender:1.5.0)
Ein Recommender basierend auf dem External INCEpTION Recommender, um in INCEpTION Annotationsvorschläge der Averbis Health Discovery zu generieren.

scripts

Ordner für verschiedene Skripte/Demos.

• cda-transform
  Eine Demo bzw. Machbarkeitsnachweis wie CDA Dokumente Level One über XSLT Stylesheets in HTML oder Plain-Text gewandelt werden können.
• health-discovery-scripts
  Python-Skripte um die Averbis Health Discovery per API anzusprechen.
• uima_cas_converter Ein einfaches Skript um UIMA CAS-Dateien von json in xmi umzuschreiben oder umgekehrt.

snomed-postprocessing

Programm um Dokumente zu identifizieren, die SNOMED CT Codes enthalten, die nicht mit einer Version kompatibel sind. (Im GeMTeX Fall: 04/2024) bzw. Codes, die auf einer Blacklist stehen (siehe snomed-postprocessing/config/blacklist_filter_tags.txt).

surrogator

Werkzeug für Pseudonymisierung von Textdocumenten nach Detektion von PII-Entitäten.

uima_cas_mapper

Ein Python-Programm um xmi im UIMA-CAS-Format von einem Typensystem in ein anderes umzuschreiben (z.B. die Exporte der Analysen der Averbis Health Discovery in eine Layer-Modellierung in INCEpTION). Dabei werden die entsprechenden Mapping-Anweisungen im json-Format angegeben. Eine genauere Beschreibung ist im Unterverzeichnis zu finden.

Hinweis

Änderungen am main branch dieses Repositoriums sind nur durch einen entsprechenden pull request durchführbar.
Fragen oder Anmerkungen zum Repositorium bitte an: franz.matthies@imise.uni-leipzig.de