Aprende a analizar datos de célula única desde archivos FASTQ hasta la identificación de tipos celulares, combinando teoría y práctica en un flujo de trabajo real.
Este repositorio contiene el Día 1 (acceso abierto) del taller completo de scRNA-seq. Aquí aprenderás:
- 📦 Cómo se generan los datos de célula única, y recomendaciones para seleccionar tus datasets
- ⚙️ Procesamiento inicial con Cell Ranger on the Cloud
- 📊 De archivos FASTQ → matrices de expresión génica
- ☁️ Ejecución en la nube sin necesidad de cómputo avanzado
El contenido está diseñado como una introducción completa y funcional para procesamiento con datos de célula única y el pipeline de Cell Ranger.
La mayoría de los cursos:
- Empiezan con datos ya procesados
- Omiten la etapa crítica de generación de matrices
- Requieren experiencia previa en bioinformática
Aquí no. Este Día 1 está diseñado para que entiendas realmente como se procesan los datos.
- Estudiantes de biología, biotecnología o áreas afines
- Investigadores que quieren iniciar en scRNA-seq
- Personas sin experiencia previa en análisis de datos ómicos
- Usuarios que buscan entender el pipeline completo.
El análisis de célula única comienza aquí (día 1), y continua con las siguientes etapas (día 2 en adelante):
| Día | Tema | Resultado |
|---|---|---|
| Día 1 | Introducción a scRNA-seq y procesamiento con Cell Ranger | matriz de expresión |
| Día 2 | Control de calidad y filtrado de células | dataset limpio |
| Día 3 | Integración de muestras y corrección de efectos batch | dataset integrado |
| Día 4 | Métodos de clustering y visualización | poblaciones celulares |
| Día 5 | Anotación celular e interpretación biológica | interpretación biológica |
Duración total: 20 horas
El Arkhe y Colaboradores nos enfocamos en:
- Construir criterio analítico, no solo ejecutar código
- Enseñar con datos reales
- Integrar teoría + práctica en tiempo real
- Evitar atajos que limiten la comprensión
Indíce del TallerEnvironmentCódigo (R / Bash / Python)Datos single-cellColaboradores / Estudiantes
👉 Si deseas información sobre las próximas ediciones escribenos a elarkhe@gmail.com
Dra. Cynthia Soto Cardinault
Este repositorio es mantenido por la autora en representación de El Arkhe MultiOmics
Si utiliza material del taller, código o recursos asociados en su investigación, enseñanza u obras derivadas, por favor cítelo de la siguiente manera.
Cynthia Soto Cardinault. El Arkhe: Single-Cell RNA-seq Workshop.
Un archivo de citación legible por máquina está disponible en este repositorio:
GitHub generará automáticamente formatos de citación (BibTeX, APA, etc.) desde este archivo a través del botón "Cite this repository".
Si utiliza datos, métodos o herramientas específicas presentadas en este taller, por favor cite también las publicaciones primarias correspondientes (por ejemplo, Seurat, Scanpy, edgeR, 10x Genomics Cell Ranger), como se indica a lo largo de los materiales del taller.
© 2026 El Arkhe MultiOmics · México