fix(BIOP02-144): HPV site-label Cramér's V 0.378 → 0.397 (원고 14곳)

manuscript/CONF_ABSTRACT_GIW2026_BIOP02.md

@@ -54,7 +54,7 @@ AI 모델은 H&E 조직형태에서 분자 상태를 읽어낸다. 그러나 읽
 
 1. **폐 KRAS-G12C 0.681 < 조직형만 쓰는 기준선 0.793** — 양성 14명이라 우리 규칙상 미결 축이므로, 결론이 아니라 관찰로만 쓴다.
 2. **Yale pCR 0.533 [0.411, 0.653]** — 탐색적 결과 확인이며 독립 검증이 아니다. Farahmand 0.80에 못 미친다고 명시.
-3. **Cramér's V = 0.378** (HPV site-라벨 구조) — 초록에서는 "3종 중 2종"만 남겼다.
+3. **Cramér's V = 0.397** (HPV site-라벨 구조) — 초록에서는 "3종 중 2종"만 남겼다.
 4. **음성 결과의 모델 무관 재현** (Lauren 실패·ERBB2 무신호가 3종 모두에서) — 원고 R5 근거. 초록에 넣기엔 자리가 없었다.
 5. **operating point 미완성** — 오배정률 1.00의 해석이 임계에 의존하며 사전정의 분석(BIOP02-138)이 미완이라는 사실. 초록에서는 수치 해석을 안 하는 방식으로 우회했다.
 6. 그림 우선순위: **Fig2(결정지도) + Fig4(검정력 천장)**. 지도보다 지도를 만든 증거가 먼저다.

manuscript/DRAFT_ML4H_v2_CHANGELOG.md

@@ -34,7 +34,7 @@
 
 8. **20-seed HPV/Virchow2 non-adoption stated (Discussion).** New: 20-seed indicated the Virchow2 HPV threshold stabilises (≈0.837) and *would* flip that cell to pass, but **not adopted** pending braveji (BIOP02-123); reported status stays "2 of 3 models". Source: `04_discussion.md` item 6; `experiments/kkkim/20260820_shuffle_null_20seed/`.
 
-9. **Site-confounding + stain-scope co-located (Discussion).** Per review guidance, the site-audit limits (HPV V = 0.378; lung V = 1.000) and the stain-normalisation scope limit are placed in **one** Limitations paragraph, so it is clear that neither fully covers the headline HPV/lung results.
+9. **Site-confounding + stain-scope co-located (Discussion).** Per review guidance, the site-audit limits (HPV V = 0.397; lung V = 1.000) and the stain-normalisation scope limit are placed in **one** Limitations paragraph, so it is clear that neither fully covers the headline HPV/lung results.
 
 10. **Two anchor limitation blocks preserved** from `04_discussion.md` (BIOP02-75 critic gate): endpoint-specific baseline value, probability-level fidelity, HER2 honest negative, cell-line transfer.
 

manuscript/DRAFT_ML4H_v2_full.md

@@ -67,7 +67,7 @@ Every endpoint is reported alongside a shuffle-null (5-seed), a prevalence basel
 
 <!-- v2 change: CRC BRAF corrected from v1's mismatched "0.868 [0.780–0.938]" to the point+CI pair reported together in COLORECTAL/full/LAW_TEST.md L14 = 0.8817 [0.817, 0.938] (holdout161, the canonical routing split). The 5-seed R5 value 0.8676 is a DIFFERENT split (holdout151) — see LAW_TEST.md L18 numeric-consistency note. -->
 
-† HPV robustness passed 5-seed chance-exclusion in only 2 of 3 foundation models (UNI and UNI2-h) and did not clear the pre-specified criterion in Virchow2 (real 0.9199 < threshold 0.9234, margin −0.0035 — a wide shuffle-null spread, not signal absence; see R5). <!-- src: experiments/crosscancer/MULTIFM_COMPARISON.md §5; CROSSCHECK_5SEED_MULTIFM.md HPV/virchow2 row --> The site audit also found site-label structuring (Cramér's V = 0.378). HPV is the single powered anchor that fixes one end of the map — not a generalisation of the law and not a model-independent confirmation. <!-- src: experiments/kkkim/20260805_site_audit/site_audit_results.json -->
+† HPV robustness passed 5-seed chance-exclusion in only 2 of 3 foundation models (UNI and UNI2-h) and did not clear the pre-specified criterion in Virchow2 (real 0.9199 < threshold 0.9234, margin −0.0035 — a wide shuffle-null spread, not signal absence; see R5). <!-- src: experiments/crosscancer/MULTIFM_COMPARISON.md §5; CROSSCHECK_5SEED_MULTIFM.md HPV/virchow2 row --> The site audit also found site-label structuring (Cramér's V = 0.397). HPV is the single powered anchor that fixes one end of the map — not a generalisation of the law and not a model-independent confirmation. <!-- src: experiments/kkkim/20260805_site_audit/site_audit_results.json -->
 ‡ For lung histology (positive control) the site audit gave V(site, label) = 1.000: TCGA-LUAD/LUSC institution codes coincide 100% with histology, so the morphological signal cannot be separated from the site signature. This limit is stated explicitly wherever the positive control is interpreted. <!-- src: site_audit_results.json -->
 
 ### R2. Our pre-registered split cannot decide the mutation axes — the power ceiling
@@ -164,7 +164,7 @@ In breast HER2, routing from predicted subtype failed consistently in this cohor
 
 The limits are placed in front. All results are retrospective, cohort-level and `hypothesis_only`; they are not claims of individual-level benefit.
 
-**Site/batch confounding and stain-variation limits — the two "is it really morphology?" attacks, together.** The site-disjoint split prevented leakage in which slides from the same institution enter both training and evaluation, but the coupling between label and institution (confounding) remains, which limits interpreting performance as a pure morphological signal. A site/batch confounding audit confirmed in five endpoints that the site-disjoint split confounds labels with the tissue source site — lung histology (positive control) at V = 1.000, where morphology and site signature cannot be separated; head and neck HPV at V = 0.378; gastric Lauren, whose prevalence shifts from 0.46 to 0.88; and lung EGFR and KRAS, which also show significant site-label association. This is a necessary condition for confounding, not proof that "the model reads site". Separately, H&E stain normalisation was not applied in the main pipeline; a stain-normalisation robustness check preserved the breast anchor pattern (HER2 near-chance, ER high, PAM50 preserved), but **this check covers the breast anchor only** — the cross-cancer headline axes (head and neck HPV, lung histology) could not be re-checked because their raw slides were lost and re-extraction is deferred. The two headline results a reviewer would most likely attack as scanner/stain artefacts are therefore exactly the ones that carry the site-confounding flags and are not yet stain-verified; we state this openly. Site predictability from H&E and leave-one-site-out performance will adjudicate the confounding question; until then these limits are stated wherever the two anchors are interpreted. <!-- src: site_audit_results.json; experiments/kkkim/20260819_stain_norm_robustness/ (BRCA anchor only); GPU return / raw loss noted in RESUME.md -->
+**Site/batch confounding and stain-variation limits — the two "is it really morphology?" attacks, together.** The site-disjoint split prevented leakage in which slides from the same institution enter both training and evaluation, but the coupling between label and institution (confounding) remains, which limits interpreting performance as a pure morphological signal. A site/batch confounding audit confirmed in five endpoints that the site-disjoint split confounds labels with the tissue source site — lung histology (positive control) at V = 1.000, where morphology and site signature cannot be separated; head and neck HPV at V = 0.397; gastric Lauren, whose prevalence shifts from 0.46 to 0.88; and lung EGFR and KRAS, which also show significant site-label association. This is a necessary condition for confounding, not proof that "the model reads site". Separately, H&E stain normalisation was not applied in the main pipeline; a stain-normalisation robustness check preserved the breast anchor pattern (HER2 near-chance, ER high, PAM50 preserved), but **this check covers the breast anchor only** — the cross-cancer headline axes (head and neck HPV, lung histology) could not be re-checked because their raw slides were lost and re-extraction is deferred. The two headline results a reviewer would most likely attack as scanner/stain artefacts are therefore exactly the ones that carry the site-confounding flags and are not yet stain-verified; we state this openly. Site predictability from H&E and leave-one-site-out performance will adjudicate the confounding question; until then these limits are stated wherever the two anchors are interpreted. <!-- src: site_audit_results.json; experiments/kkkim/20260819_stain_norm_robustness/ (BRCA anchor only); GPU return / raw loss noted in RESUME.md -->
 
 On model independence, the relative AUROC ordering among lung endpoints (histology > EGFR > KRAS) and the principal negative results were preserved across all three foundation models evaluated, whereas whether an individual molecular axis clears chance-exclusion varied by model. This is ordering stability, not model independence of the law as a whole: the headline single-endpoint confirmations (HPV, colorectal BRAF) each cleared chance-exclusion in only two of three foundation models. We note that a 20-seed re-check indicated the Virchow2 HPV threshold stabilises (to ≈0.837) and would flip that cell to a pass, but **this verdict change is not adopted** pending braveji's Critic confirmation (BIOP02-123); the reported status remains "2 of 3 models". <!-- src: 04_discussion.md item 6; experiments/kkkim/20260820_shuffle_null_20seed/ -->
 

manuscript/DRAFT_ML4H_v2_full_ko.md

@@ -69,7 +69,7 @@ H&E 조직 이미지에서 종양의 분자 상태를 예측하는 연구는 이
 
 <!-- v2 change: 대장 BRAF를 v1의 어긋난 짝 "0.868 [0.780–0.938]"에서 COLORECTAL/full/LAW_TEST.md L14에 함께 보고된 점추정+CI 짝 = 0.8817 [0.817, 0.938](holdout161, 정본 라우팅 분할)로 정정. 5-seed R5 값 0.8676은 다른 분할(holdout151)이다 — LAW_TEST.md L18 수치 일관성 주석 참조. -->
 
-† HPV 견고성은 3개 파운데이션 모델 중 2개(UNI·UNI2-h)에서만 5-seed 우연배제를 통과했고 Virchow2에서는 사전 기준을 통과하지 못하였다(real 0.9199 < 임계 0.9234, 마진 −0.0035 — 이는 셔플 null 산포가 넓은 것이며 신호 부재가 아니다; R5 참조). <!-- src: experiments/crosscancer/MULTIFM_COMPARISON.md §5; CROSSCHECK_5SEED_MULTIFM.md HPV/virchow2 row --> 또한 site 감사에서 site-label 구조화가 관찰되었다(Cramér's V = 0.378). HPV는 지도 한쪽 끝을 고정한 유일한 검정력 앵커일 뿐 법칙 일반화나 모델 무관 확증이 아니다. <!-- src: experiments/kkkim/20260805_site_audit/site_audit_results.json -->
+† HPV 견고성은 3개 파운데이션 모델 중 2개(UNI·UNI2-h)에서만 5-seed 우연배제를 통과했고 Virchow2에서는 사전 기준을 통과하지 못하였다(real 0.9199 < 임계 0.9234, 마진 −0.0035 — 이는 셔플 null 산포가 넓은 것이며 신호 부재가 아니다; R5 참조). <!-- src: experiments/crosscancer/MULTIFM_COMPARISON.md §5; CROSSCHECK_5SEED_MULTIFM.md HPV/virchow2 row --> 또한 site 감사에서 site-label 구조화가 관찰되었다(Cramér's V = 0.397). HPV는 지도 한쪽 끝을 고정한 유일한 검정력 앵커일 뿐 법칙 일반화나 모델 무관 확증이 아니다. <!-- src: experiments/kkkim/20260805_site_audit/site_audit_results.json -->
 ‡ 폐 조직형(양성대조)은 site 감사에서 V(site, label) = 1.000이었다 — TCGA-LUAD/LUSC의 기관코드가 조직형과 100% 일치해 형태 신호와 site 서명이 분리 불가하다. 양성대조를 해석하는 모든 곳에 이 한계를 명시한다. <!-- src: site_audit_results.json -->
 
 ### R2. 우리 사전등록 분할에서는 변이축을 정할 수 없다 — 검정력 천장
@@ -166,7 +166,7 @@ Lauren diffuse는 원래 양성대조였다. 인환세포와 미만형은 강한
 
 한계는 정면에 둔다. 모든 산출은 후향적·코호트 수준이며 `hypothesis_only`로, 개인 수준 benefit 주장이 아니다.
 
-**Site/batch 교란과 염색 변이 한계 — "정말 형태인가?"라는 두 공격을 함께.** site-disjoint 분할은 동일 기관 슬라이드가 학습과 평가에 함께 들어가는 leakage를 방지했지만, 라벨과 기관의 결합(confounding)은 남아 있어 성능을 순수 형태 신호로 해석하는 데 한계가 있다. site/batch 교란 감사는 site-disjoint 분할이 라벨을 조직원천기관과 교란함을 다섯 개 endpoint에서 확인하였다 — 폐 조직형(양성대조) V = 1.000으로 형태와 site 서명이 분리 불가하고, 두경부 HPV V = 0.378, 위 Lauren은 유병률이 0.46에서 0.88로 이동하며, 폐 EGFR·KRAS도 site-label 연관이 유의하다. 이는 교란의 필요조건이지 "모델이 site를 읽는다"의 증명이 아니다. 별개로, H&E 염색 정규화는 주 파이프라인에 적용하지 않았다. 염색 정규화 견고성 점검은 유방 앵커 패턴(HER2 우연 수준, ER 높음, PAM50 보존)을 보존했지만, **이 점검은 유방 앵커에만 해당한다** — 다암종 헤드라인 축(두경부 HPV, 폐 조직형)은 raw 슬라이드가 소실되어 재추출이 보류돼 재점검하지 못하였다. 즉 리뷰어가 스캐너/염색 아티팩트로 가장 공격하기 쉬운 두 헤드라인 결과가 바로 site-교란 플래그를 달고 있으면서 아직 염색 검증이 안 된 축들이며, 이를 그대로 명시한다. H&E로부터의 site 예측성과 leave-one-site-out 성능이 교란 문제의 최종 판정을 하며, 그때까지 두 앵커를 해석하는 곳마다 이 한계를 명시한다. <!-- src: site_audit_results.json; experiments/kkkim/20260819_stain_norm_robustness/ (BRCA anchor only); GPU return / raw loss noted in RESUME.md -->
+**Site/batch 교란과 염색 변이 한계 — "정말 형태인가?"라는 두 공격을 함께.** site-disjoint 분할은 동일 기관 슬라이드가 학습과 평가에 함께 들어가는 leakage를 방지했지만, 라벨과 기관의 결합(confounding)은 남아 있어 성능을 순수 형태 신호로 해석하는 데 한계가 있다. site/batch 교란 감사는 site-disjoint 분할이 라벨을 조직원천기관과 교란함을 다섯 개 endpoint에서 확인하였다 — 폐 조직형(양성대조) V = 1.000으로 형태와 site 서명이 분리 불가하고, 두경부 HPV V = 0.397, 위 Lauren은 유병률이 0.46에서 0.88로 이동하며, 폐 EGFR·KRAS도 site-label 연관이 유의하다. 이는 교란의 필요조건이지 "모델이 site를 읽는다"의 증명이 아니다. 별개로, H&E 염색 정규화는 주 파이프라인에 적용하지 않았다. 염색 정규화 견고성 점검은 유방 앵커 패턴(HER2 우연 수준, ER 높음, PAM50 보존)을 보존했지만, **이 점검은 유방 앵커에만 해당한다** — 다암종 헤드라인 축(두경부 HPV, 폐 조직형)은 raw 슬라이드가 소실되어 재추출이 보류돼 재점검하지 못하였다. 즉 리뷰어가 스캐너/염색 아티팩트로 가장 공격하기 쉬운 두 헤드라인 결과가 바로 site-교란 플래그를 달고 있으면서 아직 염색 검증이 안 된 축들이며, 이를 그대로 명시한다. H&E로부터의 site 예측성과 leave-one-site-out 성능이 교란 문제의 최종 판정을 하며, 그때까지 두 앵커를 해석하는 곳마다 이 한계를 명시한다. <!-- src: site_audit_results.json; experiments/kkkim/20260819_stain_norm_robustness/ (BRCA anchor only); GPU return / raw loss noted in RESUME.md -->
 
 모델 비의존성에 대해서는, 폐 endpoint 간 상대적 AUROC 순서(조직형 > EGFR > KRAS)와 주요 음성 결과가 평가한 세 파운데이션 모델 전반에서 보존되었으나, 개별 분자 축의 우연배제 통과 여부는 모델에 따라 달랐다. 이는 순서 안정성이지 법칙 전체의 모델 비의존성이 아니다 — 헤드라인 단일 endpoint 확증(HPV, 대장 BRAF)은 각각 세 모델 중 둘에서만 우연배제를 통과했다. 20-seed 재점검은 Virchow2 HPV 임계가 안정화(≈0.837)되어 그 칸이 통과로 뒤집힐 것임을 시사했으나, **이 판정 변경은 채택하지 않는다** — braveji의 Critic 확인 대기 중이며(BIOP02-123) 보고 상태는 "3개 중 2개 모델"로 유지한다. <!-- src: 04_discussion.md item 6; experiments/kkkim/20260820_shuffle_null_20seed/ -->