版本：2.1.0
作者：Bane Dysta
一个便捷的分子结构格式转换工具，实现 XYZ 格式与 GaussianView 之间的无缝桥接。
- 修复插件菜单命令冲突：插件菜单项不再与“Reload Configuration / Exit / About”共用命令 ID
- 增强剪贴板 Unicode 支持：优先读写
CF_UNICODETEXT，提升中文与非 ASCII 内容兼容性 - 修复标准 XYZ 空注释行解析：支持保留标准 XYZ 中的空 comment 行与中间空行
- 增强热键解析能力：新增对
Tab、Space、方向键、Insert/Delete/Home/End/PageUp/PageDown、F1-F24的支持 - 提升配置鲁棒性：布尔值解析改为不区分大小写，兼容
true/false/yes/no/on/off/1/0 - 改进插件热键重载：重载配置与设置保存后，会同步重新注册插件热键
- 修复文件读取边界问题：避免文件大小读取失败或实际读取字节数异常时出现误判
传统的格式转换工具往往需要手动管理大量中间文件，而 XYZ Monitor 采用了创新的剪贴板工作流：
- 无需手动保存/打开文件：所有数据通过剪贴板传递，复制即转换
- 自动清理临时文件：程序智能管理临时文件，无需人工清理
- 工作流更流畅：热键触发 → 自动转换 → 立即可用，一气呵成
- 避免磁盘堆积：不会在文件夹中留下大量
.log、.gjf等缓存文件
💡 使用场景：当你在阅读文献或处理数据时，看到一个分子坐标，只需复制 → 按热键，就能在 GaussianView 中立即查看，无需创建、命名、保存文件，用完即走！
- XYZ → GaussianView：从剪贴板读取 XYZ 格式，自动转换并在 GaussianView 中打开
- GaussianView → XYZ：从 GaussianView 复制分子结构，自动转为 XYZ 格式回到剪贴板
- 多帧轨迹支持：处理包含多个构型的优化轨迹或 MD 轨迹
- 优化信息智能识别：自动提取能量、力、位移等收敛参数
- 文件关联：双击
.xyz/.trj文件直接在 GaussianView 中打开
- ⌨️ 全局热键控制：自定义热键，随时随地快速转换
- 🖱️ 系统托盘运行：后台静默运行，不占用任务栏空间
- 🎛️ 图形化设置界面：简单易用的配置界面，无需手动编辑配置文件
- 🧹 智能缓存管理：临时文件自动清理，可自定义清理延迟时间
- 📊 内存限制保护：可配置内存上限，避免处理超大文件时系统卡顿
- 📝 详细日志记录：操作日志便于排查问题和追踪数据流
- 解压程序到任意目录
- 首次运行会自动生成默认配置文件
config.ini - 配置 GaussianView 路径：
- 右键点击系统托盘图标
- 选择打开设置界面
- 在"General"选项卡中设置 GaussianView 可执行文件路径
- 配置 Gaussian Clipboard 路径（用于反向转换）：
- 通常位于：
C:\G16W\Clipboard.frg - 根据你的 Gaussian 安装路径调整
- 通常位于：
传统方式 vs XYZ Monitor：
❌ 传统方式：
复制坐标 → 新建文本文件 → 粘贴 → 修改文件头 → 保存为.gjf
→ 打开GView → 选择文件 → 打开 → 用完后手动删除文件
✅ XYZ Monitor：
复制坐标 → 按热键（Ctrl+Alt+X） → 完成！
具体步骤：
- 从任何来源（论文、网页、文本编辑器等）复制 XYZ 格式的分子坐标
- 按下热键（默认
Ctrl+Alt+X） - GaussianView 自动打开并显示分子结构
- 关闭 GaussianView 后，临时文件自动清理（无需手动删除）
支持的 XYZ 格式示例：
标准格式（带原子数和注释行）：
12
Ethanol molecule, E=-154.123 MaxF=0.0012
C 0.000000 0.000000 0.000000
C 1.540000 0.000000 0.000000
O 2.080000 1.300000 0.000000
H -0.400000 1.000000 0.000000
...
简化格式（仅坐标）：
C 0.000000 0.000000 0.000000
C 1.540000 0.000000 0.000000
O 2.080000 1.300000 0.000000
...
适用场景：在 GaussianView 中调整好分子结构后，需要导出坐标用于其他程序
- 在 GaussianView 中编辑/查看分子结构
- 复制分子（Edit → Copy 或 Ctrl+C）
- 按下热键（默认
Ctrl+Alt+G） - XYZ 格式坐标已在剪贴板中，直接粘贴到任何地方使用
无需经过：保存 → 选择格式 → 命名文件 → 打开文件 → 复制内容
当需要查看磁盘上已有的 XYZ 文件时：
- 右键点击
.xyz或.trj文件 - 选择"打开方式" →
xyz_monitor.exe - 文件自动转换并在 GaussianView 中打开
- 关闭后临时文件自动清理
提示：勾选"始终使用此应用打开"后，以后双击 XYZ 文件即可直接打开
双击系统托盘图标或右键选择设置，可通过界面配置：
- Primary Hotkey：XYZ → GaussianView 的热键
- Reverse Hotkey：GaussianView → XYZ 的热键
- GView Path：GaussianView 可执行文件的完整路径
- Gaussian Clipboard Path：Gaussian 的剪贴板文件路径
高级用户可以直接编辑 config.ini 文件：
# 热键配置
hotkey=CTRL+ALT+X # 主热键（XYZ→GView）
hotkey_reverse=CTRL+ALT+G # 反向热键（GView→XYZ）
# 路径配置
gview_path=C:\G16W\gview.exe # GaussianView 路径
gaussian_clipboard_path=C:\G16W\Clipboard.frg # Gaussian 剪贴板文件
# 临时文件自动清理配置
temp_dir=temp # 临时文件目录
wait_seconds=5 # 清理延迟时间（秒），给GView足够的加载时间
# 内存限制配置
max_memory_mb=500 # 最大内存使用（MB），防止处理超大文件卡顿
max_clipboard_chars=0 # 最大字符数（0=根据内存自动计算）
# 日志配置
log_file=logs\xyz_monitor.log # 日志文件路径
log_level=INFO # 日志级别：DEBUG/INFO/WARNING/ERROR
log_to_console=true # 是否输出到控制台
log_to_file=true # 是否输出到文件关键配置说明：
-
wait_seconds：临时文件的清理延迟时间- 默认 5 秒，确保 GaussianView 有足够时间加载文件
- 如果 GView 启动较慢，可以适当增加（如改为 10）
- 程序会在后台自动清理，无需人工干预
-
temp_dir：临时文件存放位置- 默认在程序目录下的
temp文件夹 - 所有临时文件都会自动清理，不会堆积
- 默认在程序目录下的
配置修改后：在托盘图标右键菜单选择"Reload Configuration"使配置生效。
程序支持处理包含多个分子构型的轨迹文件（如几何优化过程的所有步骤）：
3
Frame 1: E=-100.123 MaxF=0.0045 RMSF=0.0023
C 0.0 0.0 0.0
H 1.0 0.0 0.0
H -1.0 0.0 0.0
3
Frame 2: E=-100.125 MaxF=0.0012 RMSF=0.0008
C 0.0 0.0 0.1
H 1.0 0.0 0.1
H -1.0 0.0 0.1
转换后的 LOG 文件将保留所有构型和优化信息。
程序能自动识别并保留注释行中的优化收敛信息：
E=：能量MaxF=：最大受力RMSF=：方均根受力MaxD=：最大位移RMSD=：方均根位移
这些信息将被转换为 Gaussian LOG 格式的标准收敛表格。
通过配置 max_memory_mb 参数，可以控制程序处理数据的内存上限：
- 默认 500MB，适合处理中等规模的轨迹文件
- 可根据系统配置调整（建议不超过系统总内存的 1/4）
- 程序会在处理前检查数据大小，超限时给出警告
- 开机自启：将程序添加到开机启动项，随时可用无需手动运行
- 无缝集成：
- 阅读文献时，看到感兴趣的分子坐标，复制 → 热键，立即可视化
- 计算结果需要快速查看，复制 → 热键，秒开 GaussianView
- 无需创建、命名、保存文件，用完即走
- 双向转换：
- XYZ → GView：快速查看和分析
- GView → XYZ：编辑后导出坐标，用于其他程序
- 批量查看：需要查看多个 XYZ 文件时，可以：
- 方式一：依次复制内容 → 热键查看
- 方式二：设置文件关联后直接双击打开
程序创建的临时文件会自动清理，你无需担心：
- ✅ 临时文件堆积占用磁盘空间
- ✅ 忘记删除临时文件
- ✅ 文件夹中出现大量无用的
.log文件
工作原理：
热键触发 → 创建临时文件 → 打开GView → 等待N秒 → 自动删除临时文件
默认等待 5 秒，如果你的电脑较慢，可以在配置中增加 wait_seconds 值。
- 热键冲突：如果默认热键与其他程序冲突，在设置界面自定义即可
- 日志排查：遇到问题时查看
logs/xyz_monitor.log了解详细信息 - 命令行使用：支持命令行参数直接转换文件：
xyz_monitor.exe "path\to\file.xyz" - 内存限制：处理超大轨迹文件时，如果提示内存不足，可以增加
max_memory_mb配置
A: 这正是 XYZ Monitor 的核心设计理念：
- 更快：复制 → 热键，比创建文件 → 命名 → 保存 → 打开快得多
- 更干净：无需管理大量中间文件，避免文件夹混乱
- 更方便：适合快速查看和临时处理，符合日常工作流
- 自动清理：程序智能管理临时文件，用完即清，无后顾之忧
A: 不会！
- 程序会在 GaussianView 加载完成后自动删除临时文件
- 默认等待 5 秒后清理，可通过
wait_seconds配置调整 - 即使程序异常退出，临时文件也只会占用很小的空间
- 可以随时手动清理
temp目录
A: 检查以下几点：
- 剪贴板中是否有有效的 XYZ 格式数据
- GaussianView 路径是否配置正确
- 查看日志文件
logs/xyz_monitor.log了解具体错误 - 确认热键没有被其他程序占用（可在设置中自定义）
A:
- 当前数据超过了内存限制（默认 500MB）
- 增加
max_memory_mb参数值（如改为 1000） - 或将大文件保存为
.xyz文件，通过文件关联方式打开
A:
- 确认
gaussian_clipboard_path配置正确（通常是C:\G16W\Clipboard.frg） - 确认在 GaussianView 中先复制了分子结构（Edit → Copy）
- 检查 Gaussian 是否正常安装并能正常使用剪贴板功能
A:
- 增加
wait_seconds配置值（如改为 10 或 15） - 这个时间是为了确保 GView 完全加载文件后再清理
- 不用担心设置太大，程序会在后台自动清理
A:
- 右键托盘图标选择"Exit"退出程序
- 直接删除程序文件夹即可
- 程序不会在注册表中留下任何残留
temp目录中的文件可以放心删除
使用传统的文件转换工具时，你是否遇到过：
- 📁 桌面上堆满了
test1.xyz、temp_final.log、molecule_copy_2.gjf等临时文件 - 🗑️ 定期需要手动清理这些临时文件，却不确定哪些可以删除
- ⏱️ 每次查看一个分子坐标都要：创建文件 → 命名 → 保存 → 打开 → 删除
- 😓 忘记删除临时文件，导致项目文件夹混乱不堪
剪贴板作为"内存"，零管理负担
传统方式：数据 → 文件 → 软件 → 手动删除文件
XYZ Monitor：数据 → 剪贴板 → 软件 → 自动清理 ✨
- ✅ 无需文件管理：复制粘贴即可完成所有操作
- ✅ 自动清理：后台智能清理临时文件，无需人工干预
- ✅ 即用即走：适合快速查看、临时分析等日常场景
- ✅ 提升效率：减少 80% 的重复文件操作，专注于科研工作本身
"让软件管理文件，让你专注科研" —— 这就是 XYZ Monitor 的设计哲学
-
2025.12.19 v2.0.3
- 可接受log文件
- 接受log文件时，识别文件类型，按照Gaussian、ORCA、其他日志分类，指定不同的打开应用
-
2025.10.17 v2.0.2
- 支持chg格式
- 允许指定第几列为element/xyz列
- GitHub: https://github.com/bane-dysta/xyzTrickGview2
- 论坛讨论: http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=55596
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