agem — AI-driven Genome-scale Metabolic Model Reconstruction

Repository Contents

Research Reports

• GEM-重建方法调研报告.md — 9 个 GEM 重建工具/平台的全面调研：数据库与注释工具清单、16 步全流程 SOTA 工具矩阵
• GEM-评估方法调研报告.md — GEM 质量评估方法论全面调研：基因必要性、生长表型、MEMOTE、生物量一致性、多工具共识、实验数据交叉验证

Technical Design

• agem_llm-技术路线-v4.md — agem_llm 最终技术路线（7 阶段、8 数据库协同、LLM 后置精修）

Implementation Plans

• docs/superpowers/plans/ — 3 阶段 18 任务实现计划