📚 paper-wiki

丢进一摞论文。长出一张知识图谱。拿走带评级的研究 idea。

不是 RAG：Claude Code 或 Codex 把每一页真读完，写成带引用的笔记，再综合出跨源概念与研究空白。

每条主张有出处。每个机器决策有留痕。wiki 没有的内容明说 not in wiki，绝不拿模型记忆补齐。

v2 起，把整个文件夹交给 /wiki-auto：睡一觉，醒来收获带四档评级的 idea 卡。

🔥 v2 新特性 · 🧭 Guidance · ⚡ 安装 · 🗺️ 调用映射 · 🧠 Wiki vs RAG · 🔄 工作流 · 🤖 自动流水线 · 🚀 创建项目 · 📁 结构

_{7 核心 action（init / compile / search-latest / critique / ideate / teach / AUTO）· 4 sub-agent（searcher / critic / ideator / cartographer）· 2 变体（research / course）· GPU-only OCR}

📰 News

2026-08-14 — v2.1.0:新增 Guidance 引导层 —— 一个可选的 GUIDANCE.md,把外部初步方向(你的想法、GPT 分析出的热点清单、外部知识图谱的产出)、算力约束与时限注入为建议性上下文:检索与发想朝它倾斜,裁决与评级一条不变;零耦合,删文件即卸载,/wiki-auto 天然继承。规范与模板:docs/GUIDANCE.md。同批加固两处裁决闸(「已解决」裁决必须点名解决者;评级白名单补上挂靠核验所需的锚目标)。
2026-08-13 — v2.0.0:/wiki-auto 全自动流水线发布——文件夹进,带四档评级的 idea 卡出,每个机器决策留痕可翻案。

🔥 v2 新特性

v2 的头条只有一个：丢进一个文件夹，醒来收获带四档评级的 idea 卡。 入库、OCR、编译、构思、评级、查新——中间每一步都不用你碰。撑起这份底气的，是一整套让「无人值守」站得住的追责机制。手动 action 的语义一律不变。

特性	做什么	保证什么
🤖 `/wiki-auto` 自动流水线	把装满源论文的文件夹交给它，链条无人值守跑完：入库 → 批量 GPU OCR → 分批编译 → 目标认领（`problems.md`）→ 方向卡 → P0 纯 prompt 探针 → 四档评级的 idea 卡 → 查新审查。	止于评级。绝不把卡片推过 `SCORED`，绝不跑 P1/P2 实验，绝不导出论文。
📥 INBOX 机器决策收件箱	每个机器决策——包括终局决策（判死、豁免、查新核验、生命周期裁定）——都在 `wiki/INBOX.md` 这张只追加的表里落一行：`\| 日期 \| 环节 \| 对象 \| 事项 \| 状态 \|`，署名 `auto` + 日期，诚实标注「机采标注」。	人用普通编辑就保留事后否决，不需要新机制。状态取待人 / 已阅 / 翻案；每次翻案配一条翻案回执。
✍️ 全量机签 + 事后否决	原先五类只许人签的不可逆决定，auto 运行下开例外：机器可以自签，但留痕是硬要求。信任显式给出，白纸黑字记录在案。	监督从事前审批移到事后翻案；值守模式的语义不变。
🚧 查新·实据闸	实验投入前的闸门，两个条件缺一不可：① 查新裁决跑过——六值台账里有这张卡的记录；② 问题实据在手——卡片带 `[p]` 探针锚点，或有签字豁免。	没有 idea 只凭热情进实验；`/wiki-auto` 整条停在闸前。
👀 Fresh-eyes 双检查点	评级在只喂卡片本身的全新上下文里做，落成 `wiki/ideas/<id>.tiering.md`；判退休要再开一个全新上下文做反方复核，落成 `<id>.counter.md`。	与主流程同一 commit 提交的工件视为无效——上下文切换可由 git 时序机械核查。
📊 可观测性对账	每次 auto 运行收尾必出八行对账块，每个报出来的数字旁边配一条可重跑的 `grep`/`ls` 命令。	缺一行，这次运行就不算收尾。
🔧 机械核查工具	`idea_lint.py`：对 idea/方向/目标卡做结构、语言、证据上限、目标规则检查，另加 v2 新增的 T1、F1 两条。`quote_check.py`：对审查指控做逐字引文核验，确定性哈希抽样。	引文 MISS 会把结论降级为证据不足；捏造的证据在裁定建立之前就被抓住。

这套机制建立在既有的裁决与探针底座之上：六值查新结论（没有「判死」这一档）、 goal → direction → probe → idea 螺旋。

🧭 Guidance 引导层(v2.1)

方向比语料先到怎么办?你自己的想法、GPT 分析出的热点清单、外部知识图谱的产出、「这轮只有一台 V100」的算力现实——在实例根放一个可选的 GUIDANCE.md,再往 research.md 加一行指针,检索与发想就会优先朝那边看。

只买注意力,不买裁决:引导决定先看哪里、先检索什么、先备什么料;好不好、立不立项、评几档,仍由既有裁决与证据闸说了算。星级评分一律无效;断言要被 wiki 引用,必须经正常检索 → 入库 → 编译重新推导。
零耦合:不放这个文件,一切照旧;删掉它,干净退出。协议、命令、schema、lint 对它零感知——注入物自带说明书。
auto 天然支持:/wiki-auto 各环节开工都读 research.md,一行指针让整条无人值守链继承引导,零新步骤。
强意图走正门:引导适合弱倾向;确定要做的方向直接写成候选行或发起立项——人签本身就是最高级别的倾斜。

两步启用、一步卸载,规范与可复制模板见 docs/GUIDANCE.md。

⚡ 安装

Claude Code

在 Claude Code 中运行：

/plugin marketplace add Spark-To-Paper-Skills/paper-wiki
/plugin install paper-wiki@paper-wiki

全局入口是 /paper-wiki:wiki-*。更新 marketplace： /plugin marketplace update paper-wiki。

Codex

Codex 端安装的是 plugin + skill，不是把 Claude Code 的 slash commands 原样搬过去。可复现的 CLI 路径：

codex plugin marketplace add Spark-To-Paper-Skills/paper-wiki
codex plugin add paper-wiki@paper-wiki

升级：codex plugin marketplace upgrade paper-wiki，然后重新执行 codex plugin add paper-wiki@paper-wiki，再新开一个 task 加载新版 skill。

Codex 安装细节：调用方式、更新验证、SessionStart hook、分发结构

同一套 Codex plugin 可供 Codex app、CLI 和 IDE extension 使用。先确认当前版本提供 plugin 命令：codex plugin --help。

注册并安装

推荐用 CLI，步骤可复现，也适合远程开发机：

codex plugin marketplace add Spark-To-Paper-Skills/paper-wiki
codex plugin add paper-wiki@paper-wiki
codex plugin list

也可以先运行第一条命令注册 marketplace，然后启动 codex，在 Codex 输入框输入 /plugins，切换到 Paper Wiki marketplace 并选择安装。安装完成后请新开一个 Codex task，让新的 skill 清单进入会话。

[!NOTE] codex plugin ... 在 PowerShell、Bash 等终端里运行；/plugins 和 $paper-wiki:paper-wiki 则输入到 Codex task 的对话框。前半段是 plugin namespace，后半段是 skill 名；它不是环境变量，也不是 shell 命令。

在 Codex 中调用

全局 plugin 安装后，显式入口是 $paper-wiki:paper-wiki <action>：

$paper-wiki:paper-wiki init
$paper-wiki:paper-wiki compile
$paper-wiki:paper-wiki critique wiki/papers/example.md
$paper-wiki:paper-wiki teach "这个 wiki 中的方法分成哪几类？"

也可以直接用自然语言，例如："用 paper-wiki 编译当前 wiki 的新材料"。显式写 $paper-wiki:paper-wiki 更适合第一次使用或需要固定 action 的场景。

bootstrap 生成的项目会自带 .agents/skills/paper-wiki-project/SKILL.md，因此即使没有安装全局 plugin，进入项目后也能这样调用：

$paper-wiki-project wiki-init
$paper-wiki-project wiki-compile
$paper-wiki-project wiki-teach "解释这个概念"

更新与验证

codex plugin marketplace upgrade paper-wiki
codex plugin add paper-wiki@paper-wiki
codex plugin marketplace list --json
codex plugin list --marketplace paper-wiki --available --json

刷新 marketplace 后重新执行 plugin add，再新开 task 使用新版 skill。

SessionStart 更新检查与 hook 信任

plugin 内置一个 SessionStart 更新检查 hook（hooks/hooks.json）。启用后，每次新会话会启动一个轻量后台 worker。某个已安装版本成功检查后，后续会话会在 24 小时内复用它自己的缓存；不同安装版本使用独立的 ~/.cache/paper-wiki/update-check-<version-hash>.json，不会让 Claude Code 与 Codex 之间版本串线。首次并发启动的会话可能各自发起检查，网络或 HTTP 失败也不会写入成功缓存，因此后续会话可能重试。hook 只保存是否有更新、已安装版本、最新版本和检查时间，只负责提醒，不会自动下载、安装或更新任何内容；提醒中会显示对应 runtime 的更新命令。

Codex 会自动发现 hooks/hooks.json，但安装或启用 plugin 不等于信任它的 hook。首次运行前请审查 hook，并在 Codex 的 trust 提示中明确允许；拒绝或跳过不会影响 $paper-wiki:paper-wiki，只是不会运行后台检查或显示更新提醒。

Codex 端如何分发

目前采用 GitHub marketplace 分发，还不是 OpenAI curated Plugins Directory 中的官方条目：

GitHub 仓库
  → .agents/plugins/marketplace.json   # 让 Codex 发现 paper-wiki
  → .codex-plugin/plugin.json          # 声明插件元数据和 skills/
  → skills/paper-wiki/SKILL.md         # 提供全局 $paper-wiki:paper-wiki
  → $CODEX_HOME/plugins/cache/...      # Codex 管理的本地安装副本

用户只需添加一次 GitHub marketplace。仓库是发布源，cache 是 Codex 的内部安装副本，不应手动修改。.agents/plugins/marketplace.json 中的 source.path 是 ./，所以同一个 GitHub 仓库既是 marketplace root，也是 plugin root，不需要再维护一份 Codex 专用 fork。新版本发布时同步更新版本号并推送仓库；用户执行上面的 marketplace upgrade + plugin add 即可更新。若以后要让用户无需先添加 GitHub 仓库、直接在公共插件目录中发现，还需要走 OpenAI 的 plugin 提交流程。Codex plugin 与 marketplace 的官方结构说明见 Build plugins。

只想要一个自包含 wiki 的话，也可以不装 plugin：直接 git clone 本仓库，用 bootstrap 脚本创建项目（见下）。生成项目双端可用，不依赖全局 plugin。

🗺️ 一套 Wiki，两端操作

一次 bootstrap，两端通吃——生成的项目双端自包含：

WIKI.md 是唯一业务规则权威，保存 variant、schema、编译规则与禁止事项。
CLAUDE.md 和 AGENTS.md 都是薄适配层，只负责把对应 runtime 引向 WIKI.md，不各自复制规则。
Claude Code 使用 .claude/commands/；Codex 使用 .agents/skills/paper-wiki-project/SKILL.md。
research.md、raw/、wiki/ 由两端共享，切换后会看到同一份状态。

Important

同一 workspace 只能有一个写入者。 不要让 Claude Code 与 Codex 同时修改同一个 wiki。切换前先等上一项任务结束，并检查工作树是否有未完成改动。

调用映射

7 个核心 action。Claude Code 的 /wiki-* 是 slash commands；它们不会在 Codex 中原样变成 slash commands。Codex 加载的是 skill，所以使用 $paper-wiki:paper-wiki、$paper-wiki-project 或自然语言点名 action。

Action	Claude Code 项目内	Codex 项目内	全局 plugin
初始化	`/wiki-init`	`$paper-wiki-project wiki-init`	Claude `/paper-wiki:wiki-init`；Codex `$paper-wiki:paper-wiki init`
编译	`/wiki-compile`	`$paper-wiki-project wiki-compile`	Claude `/paper-wiki:wiki-compile`；Codex `$paper-wiki:paper-wiki compile`
搜论文	`/wiki-search-latest <主题>`	`$paper-wiki-project wiki-search-latest <主题>`	Claude `/paper-wiki:wiki-search-latest`；Codex `$paper-wiki:paper-wiki search`
审查	`/wiki-critique <文件>`	`$paper-wiki-project wiki-critique <文件>`	Claude `/paper-wiki:wiki-critique`；Codex `$paper-wiki:paper-wiki critique`
构思	`/wiki-ideate <gap>`	`$paper-wiki-project wiki-ideate <gap>`	Claude `/paper-wiki:wiki-ideate`；Codex `$paper-wiki:paper-wiki ideate`
查询/教学	`/wiki-teach <问题>`	`$paper-wiki-project wiki-teach <问题>`	Claude `/paper-wiki:wiki-teach`；Codex `$paper-wiki:paper-wiki teach`
自动流水线	`/wiki-auto <文件夹>`	`$paper-wiki-project wiki-auto <文件夹>`	Claude `/paper-wiki:wiki-auto`；Codex `$paper-wiki:paper-wiki auto`

这些 action 背后是 4 个 sub-agent：searcher、critic、ideator、cartographer。旧的 /wiki-ask 是已退休的兼容别名，指向 wiki-teach，不计入 7 个核心 action。 wiki-teach 是 paper-wiki 自带的中立查询 action，两端都不需要另装 /teach。

🧠 LLM Wiki vs RAG

RAG 赌切分与召回；LLM Wiki 把材料真读完。

RAG:   提问 → 检索片段 → 拼答案 → 质量取决于切分与召回
Wiki:  源材料 → 逐页通读 → 编译笔记 → 综合概念 → 可持续维护的知识图谱

	RAG	LLM Wiki
何时读	查询时临时检索	编译时完整阅读
知识形态	碎片向量	结构化笔记 + 双向链接
跨源综合	弱	概念条目 + 研究空白
可信度	可能断章取义	每条主张标注出处

核心铁律：raw/ 只读且只追加；wiki/ 可重写；每条主张都能回溯到实际读过的源材料；wiki 没有的内容明确说 not in wiki，不能拿模型记忆补齐。

🔄 工作流

手动模式，你来驱动每一步：

wiki-init → 导入材料 → wiki-compile → wiki-critique → wiki-ideate
                                ↓                         ↓
                         wiki-search-latest ←── 覆盖缺口 ─┘
                                ↓
                         wiki-compile → wiki-teach

构思走「目标 → 方向 → 探针 → idea」的螺旋。查新裁决使用六值结论—— 没有「判死」这一档；最重的结果是一份记录在案的反方论证。 research 变体使用 papers → concepts → gaps；course 变体使用 lectures + practice → topics。Scope fence 管边界，生命周期 BUILDING → ACTIVE → FROZEN 管扩展节奏。

🤖 自动流水线（`/wiki-auto`）

一条命令进去，一叠评好级的 idea 卡出来。整条链无人值守：

论文文件夹
  → 入库 raw/ → 批量 GPU OCR → 分批编译
  → 目标认领（problems.md）→ 方向卡
  → P0 纯 prompt 探针 → idea 卡 → 四档评级
  → 查新审查 → 止步于 SCORED

/wiki-auto 是编排者，不是裁判：它不定义任何新的 schema 或判断规则。它的停止线是硬的——卡片绝不推过 SCORED，不跑 P1/P2 实验，不导出论文。前置条件 fail closed：GPU 忙或缺失就干净地停下，绝无 CPU 兜底。

追责：给信任配留痕

无人值守的运行会做终局决策——判死、豁免、查新核验、生命周期裁定。三套机制让这些决策可追责：

INBOX。 每个机器决策都在 wiki/INBOX.md 落一行只追加的记录（| 日期 | 环节 | 对象 | 事项 | 状态 |），署名 auto + 日期，诚实标注「机采标注」。事后否决任何决策只需正常编辑文件——不需要新机制。状态取待人 / 已阅 / 翻案；下一次运行会为每条翻案补一条翻案回执—— 只记录，绝不自动改回。
终局决策过 fresh eyes。 评级委派给只喂卡片文件的全新上下文，必须落盘 wiki/ideas/<id>.tiering.md；机器判死需要全新上下文的反方复核，落盘 wiki/ideas/<id>.counter.md——为卡片续命的论证，记录在案。与主流程产物同一 commit 提交的工件无效：上下文切换可由 git 历史核查。
八行对账。 每次运行以固定的八行对账块收尾，每个报出的数字旁边配一条可重跑的 grep/ls。缺一行，这次运行就不算收尾。

idea 要拿到实验投入，必须先过查新·实据闸：① 查新裁决跑过（六值台账里有记录），② 问题实据在手（[p] 探针锚点或签字豁免）。 /wiki-auto 整条停在闸前。

机械核查

工具	查什么	不过怎么办
`scripts/idea_lint.py`	对 idea/方向/目标卡做结构、语言、证据上限、目标卡规则检查，另加新的 T1（顶档主张的 `important_problem` 必须锚定真实的 field 层记录）与 F1（field 条目引文）两条	非零退出；auto 运行下机器可修一次并重新 lint，仍不过则弃稿，lint 输出原样贴进 INBOX 弃稿行
`scripts/quote_check.py`	审查指控引用的每段引文必须在编译笔记中逐字出现，抽样用确定性哈希	引文 MISS 把结论降级为证据不足

🚀 创建双端项目

git clone https://github.com/Spark-To-Paper-Skills/paper-wiki.git
cd paper-wiki
.\scripts\bootstrap_new_wiki.ps1 -NewPath D:\my-wiki -Topic my-topic `
    -ProjectName "My Wiki" -Variant research   # 或 course

然后任选一端启动：

cd D:\my-wiki
claude   # 随后运行 /wiki-init
# 或
codex    # 随后运行 $paper-wiki-project wiki-init

macOS / Linux 的 bootstrap，以及更新已有项目

macOS / Linux：

git clone https://github.com/Spark-To-Paper-Skills/paper-wiki.git
cd paper-wiki
bash scripts/bootstrap_new_wiki.sh --path ~/my-wiki --topic my-topic \
    --name "My Wiki" --variant research        # 或 course

更新已有项目：

.\scripts\bootstrap_new_wiki.ps1 -NewPath D:\my-wiki -Update

bash scripts/bootstrap_new_wiki.sh --path ~/my-wiki --update

-Update / --update 会刷新受管的 Claude commands/agents、Codex 项目 skill、薄适配层、manifest 和项目内协议文档；不会覆盖 WIKI.md、research.md、项目 README.md、raw/ 或 wiki/。旧版 Claude-only 项目首次更新时，会先把原完整 CLAUDE.md 迁移成 WIKI.md，再把 CLAUDE.md 收薄。若 variant 信息冲突，脚本会停止，不会猜测。

完整无 GPU 示例见 examples/QUICKSTART.md，逐 action 教程见 docs/TUTORIAL.md，场景走读见 docs/WALKTHROUGH.md。

🔬 OCR

扫描版、课件和图表密集 PDF 使用本地或远程 GPU OCR；不允许静默降级到 CPU。 /wiki-auto 同样遵守这条：GPU 忙或缺失就干净地停下，绝不换 CPU 硬跑。 Born-digital 论文可走 HTML/LaTeX 的无 OCR 路径。凭据只放环境变量，绝不能进仓库。

详见 docs/OCR-SETUP.md 与 docs/GOTCHAS.md。

📁 仓库与生成项目结构

paper-wiki/
├── README.md · README.en.md · LICENSE · VERSION
├── .claude-plugin/              # Claude Code marketplace 元数据
├── .codex-plugin/               # Codex plugin manifest
├── .agents/plugins/             # Codex marketplace 元数据
├── skills/paper-wiki/           # 全局 plugin skill
├── commands/                    # 8 个 slash command（含 wiki-auto）
├── agents/                      # 4 个 worker：searcher / critic / ideator / cartographer
├── hooks/                       # SessionStart 更新检查 hook
├── templates/{research,course}/ # WIKI.md + 薄 adapters + 项目 skill
├── scripts/                     # bootstrap（ps1+sh）、idea_lint、quote_check、OCR 工具
├── docs/                        # TUTORIAL.md · WALKTHROUGH.md · OCR-SETUP.md · GOTCHAS.md
│                                #   · METHODOLOGY.md · llm-wiki.protocol.yaml
│                                #   · idea-exec.contract.yaml · index.html
└── examples/                    # QUICKSTART.md + sample-research-wiki/

bootstrapped-project/
├── WIKI.md                      # 唯一业务规则权威
├── CLAUDE.md                    # Claude Code 薄适配层
├── AGENTS.md                    # Codex 薄适配层
├── research.md                  # 两端共享状态
├── .claude/{commands,agents}/   # Claude Code 项目入口
├── .agents/skills/paper-wiki-project/SKILL.md
├── .paper-wiki/                 # manifest + 自包含协议文档
├── raw/                         # 只读源材料
└── wiki/                        # 可维护的编译产物
    └── INBOX.md                 # 机器决策收件箱（首次 auto 运行生成）

机器契约见 docs/llm-wiki.protocol.yaml，当前版本 llm-wiki/1.1。

📄 许可证

MIT

🙏 致谢

mattpocock/skills — teach 启发了交互式教学方法；paper-wiki 现在把查询能力作为自身 wiki-teach action 提供。
同组织姊妹项目：spark-to-paper-skills —— 从带评级的 idea 到一篇可投稿的论文。
感谢早期使用者把真实项目里的方法论与坑带回这个仓库。

论文进。图谱出。idea 带着评级来见你。
_{模型负责读，闸门负责狠，你只负责挑一张卡开工。}

Navigation Menu

Uh oh!

Repository files navigation

📚 paper-wiki

丢进一摞论文。长出一张知识图谱。拿走带评级的研究 idea。

📰 News

🔥 v2 新特性

🧭 Guidance 引导层(v2.1)

⚡ 安装

Claude Code

Codex

注册并安装

在 Codex 中调用

更新与验证

SessionStart 更新检查与 hook 信任

Codex 端如何分发

🗺️ 一套 Wiki，两端操作

调用映射

🧠 LLM Wiki vs RAG

🔄 工作流

🤖 自动流水线（`/wiki-auto`）

追责：给信任配留痕

机械核查

🚀 创建双端项目

🔬 OCR

📁 仓库与生成项目结构

📄 许可证

🙏 致谢

About

Releases

Packages

Contributors

Languages

Name		Name	Last commit message	Last commit date
.agents/plugins		.agents/plugins
.claude-plugin		.claude-plugin
.codex-plugin		.codex-plugin
agents		agents
commands		commands
docs		docs
examples		examples
hooks		hooks
scripts		scripts
skills/paper-wiki		skills/paper-wiki
templates		templates
.gitattributes		.gitattributes
.gitignore		.gitignore
LICENSE		LICENSE
README.en.md		README.en.md
README.md		README.md
VERSION		VERSION

Uh oh!

Latest commit

History

Folders and files

Repository files navigation

📚 paper-wiki

丢进一摞论文。长出一张知识图谱。拿走带评级的研究 idea。

📰 News

🔥 v2 新特性

🧭 Guidance 引导层(v2.1)

⚡ 安装

Claude Code

Codex

注册并安装

在 Codex 中调用

更新与验证

SessionStart 更新检查与 hook 信任

Codex 端如何分发

🗺️ 一套 Wiki，两端操作

调用映射

🧠 LLM Wiki vs RAG

🔄 工作流

🤖 自动流水线（/wiki-auto）

追责：给信任配留痕

机械核查

🚀 创建双端项目

🔬 OCR

📁 仓库与生成项目结构

📄 许可证

🙏 致谢

About

Topics

Resources

Stars

Watchers

Forks

Releases

Packages

Contributors

Languages

🤖 自动流水线（`/wiki-auto`）