Module destiné à la gestion des données du PSDRF

Ce module GeoNature gère les données du Protocole de Suivi Dendrométrique des Réserves Forestières (PSDRF) et génère, en Python pur, le carnet d'analyse et le plan des arbres (le pipeline de calcul vit dans le sous-module PermPSDRF4py). Plus aucune dépendance à R.

Prérequis

• LaTeX / pdflatex : requis pour compiler les PDF (carnet, plan des arbres).
• Sous-module ``PermPSDRF4py`` : le pipeline de calcul Python, intégré en sous-module git. Il doit être récupéré avant l'installation.
• Dépendances Python (pandas, numpy, scipy, matplotlib, jinja2, openpyxl) : installées automatiquement par geonature install_gn_module.

Installer le module

Récupérer le code avec le sous-module :

git clone --recurse-submodules <url_du_module>

Si le dépôt est déjà cloné sans le sous-module :

git submodule update --init --recursive

Installer les dépendances système (LaTeX) et le sous-module :

bash install_env.sh

Se placer dans le répertoire backend de GeoNature, activer le virtualenv, puis lancer l'installation du module :

source venv/bin/activate

geonature install_gn_module /home/<MON_CHEMIN_ABSOLU_VERS_LE_MODULE>/ /cmr

Première mise en service (IMPORTANT)

Après l'installation, avant de pouvoir générer un carnet ou un plan des arbres, il faut charger le référentiel administrateur :

1. Charger PsdrfListes via la page d'administration du module (route /psdrfListe). Cet upload :

   • enregistre PsdrfListes.xlsx dans media/psdrf/data/ ;
   • crée/maj les Dispositifs et Cycles en base ;
   • met à jour le code écologique (nomenclature PSDRF_ECOLOGIE) ;
   • génère media/psdrf/data/tables/psdrfCodes.pkl (les référentiels lus à la génération : essences, tarifs, regroupements, catégories de diamètre…).

   Tant que cet upload n'a pas été fait, la génération s'arrête avec un message explicite (« Référentiel introuvable… Charger d'abord PsdrfListes via /psdrfListe »). Aucun fichier n'est à copier à la main : tout passe par cet upload.

2. Nomenclatures : PSDRF_DURETE et PSDRF_ECORCE (stades de dureté / écorce) sont créées à l'installation du module (migrations) ; rien à faire. PSDRF_ECOLOGIE est alimentée par l'upload PsdrfListes ci-dessus.

3. Ajouter un dispositif : un dispositif doit figurer dans PsdrfListes (onglets Cycles, Tarifs, EssReg, Cat) avant de générer son carnet, sinon les volumes seront faux ou la génération échouera. Compléter PsdrfListes.xlsx puis le ré-uploader via /psdrfListe.

Mises à jour

• Données / référentiels (nouveau dispositif, tarifs, essences…) : ré-uploader PsdrfListes via /psdrfListe. psdrfCodes.pkl est régénéré automatiquement.

• Pipeline de calcul (sous-module PermPSDRF4py) : les évolutions se font dans le dépôt RNF-SI/PermPSDRF4py, puis on met à jour le pointeur de sous-module

  cd backend/gn_module_psdrf/PermPSDRF4py && git pull origin main
  cd - && git add backend/gn_module_psdrf/PermPSDRF4py
  git commit -m "Maj sous-module PermPSDRF4py"
  

Tests

python -m pytest (depuis la racine du module, dans le venv GeoNature) lance les tests de non-régression du pont (transformations BDD → pipeline).

Documentation

• Architecture du module : CLAUDE.md.
• Pipeline de calcul / carnet : documentation du sous-module backend/gn_module_psdrf/PermPSDRF4py (CLAUDE.md, docs/contrat_donnees_carnet.md).
• Documentation utilisateur (à venir).