🚀 ByO Target Platform (TVA)

Build your Own Target Validation Assistant
Target Validation Assistant(TVA)는 연구 초기 단계의 의사결정을 돕는 AI 기반 문헌 분석 플랫폼입니다. 🏁 This project was built during a 24-hour hackathon.

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✨ 프로젝트 소개

ByO Target Platform (TVA)은
🎯 연구 초기(Target Validation) 단계에서
📚 방대한 문헌을 구조화된 근거와 판단 단위로 정리해주는
AI 기반 의사결정 보조 플랫폼입니다.

Retriever → Extractor → Synthesizer로 이어지는
Multi-Agent 파이프라인을 통해
논문 검색, 정보 추출, 종합 리포트 생성을 자동화합니다.

본 프로젝트는 해커톤 환경에서 빠른 의사결정과 확장 가능성을 중심으로 설계되었습니다.

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🧑‍🤝‍🧑 팀 ByO

이름	역할	GitHub
강유비	Frontend / Backend	https://github.com/rocodrama
권태성	AI	https://github.com/TaeSeongkwon0521
우서연	AI	https://github.com/SYWoo02
이상화	AI	https://github.com/lsanghwa72
김지훈	Backend	https://github.com/Life-00

각 파트는 역할을 분리하되,
PR 기반 협업을 통해 코드 품질과 변경 이력을 관리합니다.

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🎯 프로젝트 개요

• 프로젝트 목적
  연구 초기 단계에서 타깃(Myostatin 등)에 대한 근거 수준을
  빠르게 파악하고, “어디까지 검증되었는가”를 구조적으로 제시

• 문제 정의

  • 논문은 많지만 판단 기준이 흩어져 있음
  • 실험 단계(in vitro / in vivo / clinical)가 혼재
  • 연구자가 직접 정리·비교해야 하는 비용이 큼

• 해결 접근 방식

  • 문헌 자동 수집 (PubMed / ArXiv 등)
  • LLM 기반 정보 추출 및 검증
  • Target Dossier 형태의 구조화된 결과 제공

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✨ 주요 기능

• 🔍 Retriever Agent

  • 문헌 검색
  • Query expansion 및 semantic ranking

• 🧠 Extractor Agent

  • 논문에서 핵심 실험 조건 및 결과 추출
  • 근거 타입(in vitro / in vivo / clinical) 구조화

• 🧩 Synthesizer Agent

  • 다수 논문의 결과를 종합
  • Target Dossier 및 요약 리포트 생성

• 💬 Research / Chat API

  • 세션 기반 대화형 분석
  • Research / Extract / Report 플로우 지원

• 📊 Frontend Dashboard

  • 연구 결과 시각화
  • PDF 업로드 및 분석 결과 확인

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🛠️ 기술 스택

Frontend

• React
• Vite
• Nginx (Production build)
• Tailwind CSS

Backend

• Python 3.12
• FastAPI
• SQLAlchemy
• Alembic (DB migration)
• JWT 기반 인증

AI / ML

• Upstage Solar LLM (solar-pro2)
• Upstage Embedding (solar-embedding-1-large)
• LangChain
• ChromaDB (Vector DB)
• FAISS / Sentence-Transformers

Infrastructure

• Docker / Docker Compose
• PostgreSQL 15
• GitHub Actions (CI/CD)

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🧱 아키텍처

[Frontend (React)]
        ↓
[Backend API (FastAPI)]
        ↓
[Multi-Agent Pipeline]
 Retriever → Extractor → Synthesizer
        ↓
[LLM (Upstage Solar)]
[Vector DB (Chroma)]
[PostgreSQL]

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📁 레포지토리 구조 (상세)

ByO-Target-Platform-Hackathon
├─ .env
├─ .env.example
├─ .env.example_ec2
├─ docker-compose.yml
├─ README.md
├─ CONTRIBUTING.md
│
├─ .github/
│  └─ workflows/
│     ├─ ci.yml              # CI (lint / test)
│     └─ deploy.yml          # Build & deploy to k3s (EC2)
│
├─ backend/                  # FastAPI backend
│  ├─ Dockerfile
│  ├─ alembic.ini
│  ├─ requirements.txt
│  ├─ alembic/
│  │  ├─ env.py
│  │  └─ versions/           # DB migrations
│  └─ app/
│     ├─ main.py             # FastAPI entrypoint
│     ├─ api/                # API routes (/api/v1)
│     │  └─ v1/
│     │     ├─ auth.py
│     │     ├─ documents.py
│     │     ├─ sessions.py
│     │     └─ agents/
│     ├─ agents/             # Multi-agent logic
│     │  ├─ analysis_agent
│     │  ├─ embedding_agent
│     │  ├─ general_chat
│     │  ├─ report_agent
│     │  └─ search_agent
│     ├─ db/                 # DB models & session
│     ├─ services/           # Business logic
│     ├─ schemas/            # Pydantic schemas
│     ├─ middleware/         # Auth / JWT middleware
│     ├─ config/             # Settings
│     └─ utils/
│
├─ frontend/                 # Vite + React frontend
│  ├─ Dockerfile
│  ├─ index.html
│  ├─ vite.config.js
│  ├─ public/
│  └─ src/
│     ├─ main.jsx
│     ├─ App.jsx
│     ├─ pages/              # Login / Session / Workspace
│     ├─ components/         # UI components
│     ├─ services/           # API clients
│     ├─ stores/             # State management
│     ├─ config/             # API base config
│     └─ utils/
│
├─ infra/
│  └─ k8s/
│     └─ application/
│        ├─ 01-namespace.yaml
│        ├─ 02-configmap.yaml
│        ├─ 03-chromadb.yaml
│        ├─ 04-postgres.yaml
│        ├─ 05-backend.yaml
│        ├─ 06-frontend.yaml
│        └─ 07-ingress.yaml   # Traefik ingress (/ → frontend, /api → backend)

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⚙️ 설치 및 실행

요구사항

• Docker & Docker Compose

• (로컬 실행 시) Python 3.12, Node.js 20+

• 환경 변수 설정

cp .env.example .env
# .env 파일에 API KEY 등 필수 값 입력

• Docker 실행 (권장)

docker compose up --build

로컬 개발 (docker-compose 기준)

• Frontend: http://localhost
• Backend API: http://localhost:8000
• ChromaDB: http://localhost:8001
• PostgreSQL: localhost:5432

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## 🔐 주요 환경 변수

# ===============================
# Upstage (LLM / Embedding)
# ===============================
UPSTAGE_API_KEY=
UPSTAGE_MODEL=solar-pro2
UPSTAGE_EMBED_MODEL=solar-embedding-1-large


# ===============================
# JWT
# ===============================
JWT_SECRET_KEY=
ACCESS_TOKEN_EXPIRE_MINUTES=60


# ===============================
# Database
# ===============================
DB_USER=tva
DB_PASSWORD=tva_password
DB_NAME=tva_db


# ===============================
# ChromaDB (k8s 기준)
# ===============================
CHROMADB_HOST=chromadb
CHROMADB_PORT=8000


# ===============================
# Frontend (Production)
# ===============================
# Ingress 환경에서는 프론트가 같은 도메인에서
# /api 경로로 backend에 접근하므로 BASE_URL은 비워둡니다.
VITE_API_BASE_URL=
VITE_API_VERSION=v1


# ===============================
# CORS
# ===============================
# 로컬 개발:
# CORS_ORIGINS=http://localhost:5173
#
# 운영 (Traefik NodePort 기준):
# CORS_ORIGINS=http://EC2_PUBLIC_IP:31146
CORS_ORIGINS=http://localhost:5173

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📌 협업 규칙(Hackathon)

• main 브랜치는 PR로 병합

• 기능 단위 feature 브랜치 사용

• 리뷰는 가능한 범위 내에서 간단히

• 데모 안정성을 우선하여 merge 관리

Made with ❤️ for Academic Research