cellvision

MEA pris en charge

Familles :

• MEA_60MEA_200
  • MEA_60MEA_200_30
  • MEA_60MEA_200_10
• MEA_60MEA_500
  • MEA_60MEA_500_30
  • MEA_60MEA_500_10
• MEA_60HexaMEA_40_10

Développement

Requirements

• git
• mamba
• ssh
• se connecter au réseau "JUNIA_STUDENTS"
• accès au serveur junia local

Installation

Le repo contient un submodule.

Cloner avec les submodules

git clone --recurse-submodules git@github.com:Junia-Cellvision/public-cellvision.git

Ou en https

git clone --recurse-submodules https://github.com/Junia-Cellvision/public-cellvision.git

Mettre à jour les submodules

git submodule update --init --force --remote

Ajouter les submodules si vous avez cloné sans

1. Initialiser les submodules

git submodule init

2. Mettre à jour les submodules

git submodule update

Mise en place

1. Créer un environnement mamba

mamba env create -f env.yml

2. Activer l'env

mamba activate cellvision

3. Récupérer les données depuis le serveur

sh pull_data.sh

4. Lancer le script

python3 cellvision.py

5. Accéder à l'interface web

Ajouter une dépendance python

1. Installer la dépendance

pip install <dependency>

2. Ajouter la dépendance à l'environnement

mamba env export --from-history > env.yml

Installer les dépendances dans l'environnement

mamba env update -f env.yml --prune