Bioinformatics_Algorithms/bio_structures.py at master · venkatk89/Bioinformatics_Algorithms · GitHub

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# Biological structures
Nucleotides = ["A", "C", "G", "T"]

Base_pairs = {"A": "T", "T": "A", "C": "G", "G": "C"}


DNA_Codons = {
    # 'M' - START, '_' - STOP
    "GCT": "A", "GCC": "A", "GCA": "A", "GCG": "A",
    "TGT": "C", "TGC": "C",
    "GAT": "D", "GAC": "D",
    "GAA": "E", "GAG": "E",
    "TTT": "F", "TTC": "F",
    "GGT": "G", "GGC": "G", "GGA": "G", "GGG": "G",
    "CAT": "H", "CAC": "H",
    "ATA": "I", "ATT": "I", "ATC": "I",
    "AAA": "K", "AAG": "K",
    "TTA": "L", "TTG": "L", "CTT": "L", "CTC": "L", "CTA": "L", "CTG": "L",
    "ATG": "M",
    "AAT": "N", "AAC": "N",
    "CCT": "P", "CCC": "P", "CCA": "P", "CCG": "P",
    "CAA": "Q", "CAG": "Q",
    "CGT": "R", "CGC": "R", "CGA": "R", "CGG": "R", "AGA": "R", "AGG": "R",
    "TCT": "S", "TCC": "S", "TCA": "S", "TCG": "S", "AGT": "S", "AGC": "S",
    "ACT": "T", "ACC": "T", "ACA": "T", "ACG": "T",
    "GTT": "V", "GTC": "V", "GTA": "V", "GTG": "V",
    "TGG": "W",
    "TAT": "Y", "TAC": "Y",
    "TAA": "_", "TAG": "_", "TGA": "_"
}

RNA_Codons = {
    # 'M' - START, '_' - STOP
    "GCU": "A", "GCC": "A", "GCA": "A", "GCG": "A",
    "UGU": "C", "UGC": "C",
    "GAU": "D", "GAC": "D",
    "GAA": "E", "GAG": "E",
    "UUU": "F", "UUC": "F",
    "GGU": "G", "GGC": "G", "GGA": "G", "GGG": "G",
    "CAU": "H", "CAC": "H",
    "AUA": "I", "AUU": "I", "AUC": "I",
    "AAA": "K", "AAG": "K",
    "UUA": "L", "UUG": "L", "CUU": "L", "CUC": "L", "CUA": "L", "CUG": "L",
    "AUG": "M",
    "AAU": "N", "AAC": "N",
    "CCU": "P", "CCC": "P", "CCA": "P", "CCG": "P",
    "CAA": "Q", "CAG": "Q",
    "CGU": "R", "CGC": "R", "CGA": "R", "CGG": "R", "AGA": "R", "AGG": "R",
    "UCU": "S", "UCC": "S", "UCA": "S", "UCG": "S", "AGU": "S", "AGC": "S",
    "ACU": "T", "ACC": "T", "ACA": "T", "ACG": "T",
    "GUU": "V", "GUC": "V", "GUA": "V", "GUG": "V",
    "UGG": "W",
    "UAU": "Y", "UAC": "Y",
    "UAA": "_", "UAG": "_", "UGA": "_"
}

Protein_mass = {
    "A": 71.03711,
    "C": 103.00919,
    "D": 115.02694,
    "E": 129.04259,
    "F": 147.06841,
    "G": 57.02146,
    "H": 137.05891,
    "I": 113.08406,
    "K": 128.09496,
    "L": 113.08406,
    "M": 131.04049,
    "N": 114.04293,
    "P": 97.05276,
    "Q": 128.05858,
    "R": 156.10111,
    "S": 87.03203,
    "T": 101.04768,
    "V": 99.06841,
    "W": 186.07931,
    "Y": 163.06333,
}