AGENTS.md — Thesis Destroyer
Project : Thesis DestroyerDomain : 全中文学术写作 research-to-manuscript workflowBaseline Docs : docs/01_build_target.md, docs/02_architecture.md 已按当前开源版 workflow 刷新；后续仍需用户明确批准才可修改Current Effective Workflow Sources : 当前生效 workflow 以 AGENTS.md、README.md、docs/01_build_target.md、docs/02_architecture.md、manifests 与 runtime gate 校验为准2026-04-16 User-Approved Override : 用户已批准 Part 4 / Part 5 自动化取消人工 gate；该 override 已吸收到当前 baseline docs 与 runtime gate 合同中MVP Scope : Part 1（文献收集）→ Part 2（Research Wiki）→ Part 3（Argument Tree）→ Part 4（Paper Outline）→ Part 5 MVP（Draft + Review + Revision）→ Part 6 gated finalization（Final Manuscript + Audit + DOCX Export + Package Decision）
Layer
职责
目录
Domain Workflow Layer
业务逻辑（检索、wiki、论证、大纲）
raw-library/, research-wiki/, outputs/
Research Harness Layer
控制面（manifest、state、gate、audit、HITL）
runtime/, process-memory/, manifests/
Provider / Tool Layer
外部资源接入（CNKI、万方、Crossref 等）
由 manifests/source-policy.json 配置
CNKI 为第一优先来源 ，任何阶段不可绕过
Part 1 最终 accepted sources 目标为 40 篇；CNKI 来源必须不低于 60% 且不高于 70%（即 24-28 篇），英文期刊来源必须至少 5 篇，其余来源必须来自非 CNKI 的可验真补充来源
Part 1 检索计划必须先执行聚焦查询，再执行宽泛扩展；聚焦查询必须由已确认 intake 的研究对象、方法、教学、应用或案例锚点生成
为保留现有合同兼容性，cnki_q1_1 必须继续存在，但它必须绑定当前 confirmed intake 的聚焦主检索，不得被写成大 OR 式泛化查询，也不得复用旧题目的固定检索词
cnki_q1_1 的检索表达必须从当前 confirmed intake 的研究对象与方法 / 教学 / 应用 / 案例锚点动态生成，不得保留或注入任何旧论文主题模板宽泛扩展只能在聚焦查询完成、记录检索结果与召回不足后补充使用，不得覆盖或替代 CNKI 聚焦主检索链
英文来源只能作为补充层，不能无约束替代中文主检索策略
所有来源进入主链前必须经过去重、真实性校验与来源标注
来源策略配置在 manifests/source-policy.json，不得在运行时被动态覆盖
Part 1 的最前提是系统先发出 intake request：每次启动 part1，必须生成或刷新 outputs/part1/intake_request.md 与 outputs/part1/intake_template.json，提示用户填写 outputs/part1/intake.json
用户填写并确认 intake_confirmed 后，系统必须自动创建或复用一个隔离 workspace（workspaces/ws_NNN/），把已确认 intake 复制到该 workspace，在 workspace 内记录 intake_confirmed，并自动启动该 workspace 的 Part 1 runner；只有显式使用 --no-auto-run-part1 时才允许只创建 workspace 不运行
隔离 workspace 只复制 harness、规则、脚本与已确认 intake；不得复制 root 项目的 raw-library、research-wiki、outputs、process-memory 等研究产物，避免新论文运行污染 root 上下文
隔离 workspace 应复制已有 baseline writing-policy/ 规则层；该层只作为结构与表达约束，不属于 research evidence，不会污染研究证据层
未填写并确认 intake_confirmed、且未生成隔离 workspace 前，Part 1 不得执行检索计划、下载、相关性评分、真实性校验或资料库注册
相关性评分的 tier_A 锚点必须从 confirmed intake 派生，并同时覆盖研究对象与研究问题场景；不得仅凭单一地域词、文化词或泛传统文化词进入主证据链
tier_A 必须同时命中当前 intake 的研究对象锚点与研究问题场景锚点；例如某一研究主题应同时命中其对象锚点与其场景、方法、应用或案例锚点，不能复用任何旧论文题目的固定锚点组合相关性评分必须显式记录命中的 confirmed intake 锚点与降级原因，避免旧题目规则污染新论文运行
不得跳过真实性校验；校验失败必须记录至 outputs/part1/excluded_sources_log.json
不得用非 canonical artifacts 推进阶段
不得在状态损坏时静默修复，必须显式报告
以下节点仍为必须人工决策的阻断 gate，不得被任何 agent 或脚本自动跳过 ：
Gate ID
描述
阶段位置
intake_confirmed研究主题与结构化 intake 关键参数已由用户确认
Part 1 检索执行前
argument_tree_selected候选 argument tree 已由用户选定
Part 3 canonical lock 前
part6_finalization_authorized用户已授权从 Part 5 handoff 进入 Part 6 finalization
Part 6 final package 生成前
part6_final_decision_confirmed最终 readiness verdict 与 submission package manifest 已由用户确认
Part 6 completion 前
Part 4 与 Part 5 不再设置人工阻断 gate。Part 4 生成 canonical outline 三件套并通过校验后，可自动进入 Part 5。Part 5 按 prep → draft → review → revise 自动运行，所有产物保存在 outputs/part5/，不得自动进入 Part 6。
Part 6 必须由用户显式授权后才可运行 finalization，并且 final decision 仍需用户最终确认；Part 6 不执行投稿或提交动作。
Part 6 docx 格式导出不新增 human gate；若用户要求最终 docx，应在 part6_final_decision_confirmed 前生成项目内 docx 与桌面副本，并让 submission package manifest 记录这些导出文件。
Research evidence layer（research-wiki/）与 writing policy layer（writing-policy/）必须物理分离
raw-library/ 中的原始资料不得被改写 ；规范化文本放 raw-library/normalized/research-wiki/ 是持久、累积的研究层，不是 raw-library/metadata.json 的卡片化副本除 canonical research-wiki/index.json 外，Part 2 必须维护 research-wiki/index.md、research-wiki/log.md、research-wiki/update_log.json 与 research-wiki/contradictions_report.json
Part 2 必须生成 source digest / evidence aggregation / concept / topic / method / synthesis 类页面，用于承载来源消化、证据聚合、概念解释、专题梳理、方法抽取与综合判断
每个 research-wiki/ 页面必须包含来源映射、交叉链接与变更依据；跨来源冲突必须进入 research-wiki/contradictions_report.json
research-wiki/ 更新必须保留来源映射与变更依据，记录至 research-wiki/update_log.json
Part
Canonical Artifacts
Gate 校验条件
Part 1
raw-library/metadata.jsonoutputs/part1/authenticity_report.json真实性校验通过，本地落地完成
Part 2
research-wiki/index.jsonindex 可用，来源映射完整，health check 通过
Part 3
outputs/part3/argument_tree.jsonhuman selection 完成且锁定，comparison 齐备
Part 4
outputs/part4/paper_outline.jsonoutline 与 argument tree 对齐，rationale 与 reference alignment report 可用，可自动进入 Part 5
Part 5
outputs/part5/manuscript_v2.mdoutputs/part5/review_matrix.jsonoutputs/part5/review_report.mdoutputs/part5/revision_log.jsonoutputs/part5/part6_readiness_decision.jsonreview + revision 齐备，critical blocker 已登记，review report 与 final manuscript 保存在 outputs/part5/，Part 6 readiness 仅表达判断不推进
Part 6
outputs/part6/final_manuscript.mdoutputs/part6/claim_risk_report.jsonoutputs/part6/citation_consistency_report.jsonoutputs/part6/submission_package_manifest.jsonoutputs/part6/final_readiness_decision.json已授权 finalization，最终稿 / claim audit / citation audit / package manifest 齐备，final decision 已由用户确认，且不执行 submission
任何阶段推进均不得绕过 canonical artifacts 。
未通过当前阶段 gate，不得推进至下一阶段
gate 校验结果必须记录至 process-memory/
状态损坏时必须显式报告，不得静默重置
回滚必须有显式记录，不得覆盖原始状态文件
允许的 AI 行为
生成检索计划草稿
生成 Part 1 intake request，并提示用户填写 intake
在 intake 确认后创建隔离 workspace，把该 intake 带入 workspace，并自动启动 workspace 内 Part 1 runner
执行多源检索并进行相关性评分
在 Part 1 下载完成后导出已下载论文清单到 outputs/part1/
生成 wiki 页面草稿
生成 3 份候选 argument tree
提供候选比较与选择建议
生成并校验 canonical paper outline 三件套
自动运行 Part 5 写作输入包、保守正文 scaffold、结构化 review、revision、用户汇报与最终稿本地输出，以及 Part 6 readiness decision
在用户授权后运行 Part 6 finalization、claim / citation audit、submission package manifest 与 final readiness decision 生成；不得自动确认 final decision
在 Part 6 已生成最终稿与审计后，按 writing-policy/rules/scut_course_paper_format.md 调用确定性脚本生成格式化 docx，并复制一份到桌面，文件名使用论文题目
What Requires Human Decision
必须人工介入的节点
确认研究主题与 intake 关键参数
选定并锁定 canonical argument tree
改变 MVP 边界或不可变约束
授权进入 Part 6 finalization
确认 Part 6 final readiness verdict 与 submission package manifest
当前阶段 + 开始/完成时间必须记录在 runtime/state.json
最近一次失败位置必须记录
repair 必须留备份，不得覆盖原始状态文件
回滚必须有显式记录在 process-memory/
Naming & Directory Conventions raw-library/papers/{source_id}.pdf
raw-library/web-archives/{source_id}.md
raw-library/normalized/{source_id}.txt
raw-library/provenance/{source_id}.json
research-wiki/index.json
research-wiki/index.md
research-wiki/log.md
research-wiki/update_log.json
research-wiki/contradictions_report.json
research-wiki/pages/source-digest/{source_id}.md
research-wiki/pages/evidence-aggregation/{topic_id}.md
research-wiki/pages/concepts/{concept_id}.md
research-wiki/pages/topics/{topic_id}.md
research-wiki/pages/methods/{method_id}.md
research-wiki/pages/synthesis/{synthesis_id}.md
writing-policy/rules/{rule_id}.md
writing-policy/style_guides/{guide_id}.md
writing-policy/reference_cases/{case_id}.md
writing-policy/rubrics/{rubric_id}.md
outputs/part1/{artifact_name}.json
outputs/part1/intake_request.md
outputs/part1/intake_template.json
outputs/part1/workspace_manifest.json
outputs/part1/supplementary_sources_task.md
outputs/part1/source_quota_report.json
outputs/part1/downloaded_papers_table.csv
outputs/part1/downloaded_papers_table.md
outputs/part3/candidate_argument_trees/{candidate_id}.json
outputs/part3/argument_tree.json ← canonical
outputs/part4/paper_outline.json ← canonical
outputs/part4/outline_rationale.json
outputs/part4/reference_alignment_report.json
outputs/part5/chapter_briefs/{section_id}.md
outputs/part5/case_analysis_templates/{template_id}.md
outputs/part5/claim_evidence_matrix.json
outputs/part5/citation_map.json
outputs/part5/figure_plan.json
outputs/part5/open_questions.json
outputs/part5/manuscript_v1.md ← intermediate
outputs/part5/review_matrix.json ← canonical
outputs/part5/review_report.md ← canonical user-facing report
outputs/part5/review_summary.md
outputs/part5/claim_risk_report.json
outputs/part5/citation_consistency_precheck.json
outputs/part5/revision_log.json ← canonical
outputs/part5/manuscript_v2.md ← canonical final Part 5 draft
outputs/part5/part6_readiness_decision.json ← canonical readiness verdict only; does not advance Part 6
outputs/part6/final_manuscript.md ← canonical finalization draft
outputs/part6/claim_risk_report.json ← canonical final claim audit
outputs/part6/citation_consistency_report.json ← canonical final citation audit
outputs/part6/submission_package_manifest.json ← canonical package manifest; not submission authorization
outputs/part6/final_readiness_decision.json ← canonical final readiness verdict
outputs/part6/final_manuscript.docx ← Part 6 formatted package export, non-evidence
outputs/part6/docx_format_report.json ← Part 6 docx format validation report
~/Desktop/{论文题目}.docx ← user-facing desktop copy, not canonical
process-memory/{YYYYMMDD}_{event_type}.json
workspaces/ws_NNN/workspace_manifest.json
workspaces/ws_NNN/outputs/part1/intake.json
skills/{skill-name}/SKILL.md
skills/{skill-name}/agents/openai.yaml
runtime/agents/part2_{business_step}.py
runtime/agents/part3_{business_step}.py
runtime/agents/part4_{business_step}.py
runtime/agents/part5_{business_step}.py
runtime/agents/part6_{business_step}.py
Workflow Extension Conventions
skills/ 保存项目内可迁移的 workflow skills；新增 skill 必须用 skill-creator 初始化，目录名使用小写 hyphen-case。skills/ 只放面向论文 workflow 的业务技能，不放 ECC 的 coding-oriented agent 角色。runtime/agents/part1_intake.py 负责生成 Part 1 intake request；它不得自动确认 intake_confirmed，也不得覆盖已填写的 outputs/part1/intake.json。scripts/new_workspace.py --intake outputs/part1/intake.json --confirm-intake 负责从已确认 intake 创建隔离 workspace；重复执行同一 intake hash 时必须复用既有 workspace，不得无意义制造多个上下文副本。自动命名必须使用现有最大 ws_NNN 编号 + 1，不得回填已删除或缺失的旧编号。python3 cli.py confirm-gate intake_confirmed ... 在 bootstrap 后必须自动进入该 workspace 启动 runtime/agents/part1_runner.py，除非显式传入 --no-auto-run-part1。outputs/part1/workspace_manifest.json 记录 root intake 与隔离 workspace 的映射；workspace 自身必须有 workspace_manifest.json 说明来源、intake hash 与 isolation rule。runtime/agents/part1_library_table_exporter.py 负责导出 Part 1 已下载论文清单；表格从 raw-library/provenance/ 与 raw-library/metadata.json 读取，不得替代 canonical raw-library/metadata.json。Part 1 检索计划必须先生成并执行 CNKI 聚焦查询；cnki_q1_1 必须绑定当前 confirmed intake 的研究对象与方法 / 教学 / 应用 / 案例锚点，不得退化为泛化大 OR 查询，也不得复用旧题目的固定检索词。
Part 1 相关性评分必须从当前 confirmed intake 派生 tier_A 锚点；任何旧题目锚点都不得作为当前论文的必要条件。
runtime/agents/part1_download_queue_builder.py 负责从 outputs/part1/search_results_candidates.json 与可选 outputs/part1/researchagent_search_result_triage.json 生成 outputs/part1/download_queue.json；下载前 triage 只提高候选排序与下载命中率，不替代后续相关性评分、真实性校验或资料库注册 gate。part1-search-result-triage 是 researchagent 的下载前候选审查 skill；它只能输出 sidecar recommendation，不得写 download_queue.json、不得新增 source_id / citation / case fact / research conclusion、不得确认 human gate。Part 1 下载 manifest 校验通过后，必须生成 outputs/part1/downloaded_papers_table.csv / .md；资料库注册完成后应刷新该表格以补充 relevance、authenticity 与 accepted 状态。
Part 1 资料库注册必须生成 outputs/part1/source_quota_report.json；未满足 40 篇总量、CNKI 24-28 篇、英文期刊不少于 5 篇时，不得写入或推进 canonical raw-library/metadata.json。
网页详情页或开放网页全文可作为本地落地 artifact 进入 raw-library/web-archives/{source_id}.md；优先由本地 Google Chrome 的 Obsidian/Web Clipper 插件生成 Markdown，再由 runtime/agents/web_markdown_archiver.py 导入仓库并写 provenance。Chrome 插件调用本身不作为 deterministic gate；deterministic 边界是 Markdown 文件导入、路径校验、provenance 与真实性校验。
Codex LLM agent role 与 runtime/agents/*.py 不是同一层：LLM agent 负责判断、综合、批判和写作建议；runtime script 负责文件落盘、schema 校验、state/gate 写入和 canonical lock。
当前启用的论文 workflow LLM roles 为 researchagent、wikisynthesisagent、argumentagent、outlineagent、writeagent / writeragent、claimauditor、citationauditor；角色说明已并入 docs/02_architecture.md 的 LLM agent boundary。
所有 LLM agent 均不得确认 human gate、不得写 runtime/state.json、不得绕过 deterministic validation、不得把 writing-policy 或作者风格材料当作 research evidence、不得新增不可回溯的 source_id / citation / case fact / data / research conclusion。
researchagent 只负责 Part 1/2 的检索策略、相关性判断、source triage 与研究缺口建议；不得绕过 CNKI 优先策略、真实性校验、去重、provenance 或 intake/workspace gate。runtime/agents/part2_*.py 保存 Part 2 Research Wiki 业务 agent 脚本；命名必须表达 wiki 生成、来源映射、health check、validate 或 advance 等论文流程步骤。Part 2 自动化只能从 Part 1 canonical artifacts 与 raw-library/metadata.json 读取 research evidence，不得从 writing-policy/、临时草稿或未 canonical 的中间产物补充证据。
Part 2 自动化不得把 writing-policy/ 内容混入 research-wiki/；writing policy 只能作为写作规则层，不能作为 research evidence 层来源。
Part 2 自动化不得引用未进入 raw-library/metadata.json 的 source_id；发现缺失来源时必须记录为校验失败，不得静默补造或跳过。
Part 2 自动化必须把 research-wiki/ 作为持久累积研究层维护；不得只生成 metadata 卡片或一次性摘要。
Part 2 自动化除生成 canonical research-wiki/index.json 外，还必须维护 research-wiki/index.md、research-wiki/log.md、research-wiki/update_log.json 与 research-wiki/contradictions_report.json。
Part 2 自动化必须生成 source digest、evidence aggregation、concept、topic、method、synthesis 类页面；页面必须包含 source_ids、file_path、page_type、来源映射、交叉链接、变更依据，且 source_mapping_complete=true。
自动生成 research-wiki/index.json 前，必须保证每个 wiki 页面具备 source_ids、file_path、page_type、来源映射、交叉链接、变更依据，且 source_mapping_complete=true。
Part 2 自动化不得自动推进 Part 3；必须通过 part2-health/validate/advance 的 gate 流程，且 gate 结果记录至 process-memory/ 后才能进入 Part 3。
wikisynthesisagent 只负责 Part 2 的 research wiki 综合判断与页面草案建议；canonical research-wiki/index.json、source mapping、health check 与 update log integrity 仍由 deterministic Part 2 自动化负责。runtime/agents/part3_*.py 保存 Part 3 业务 agent 脚本；命名必须表达论文流程步骤，如 candidate generation、comparison、human selection。Part 3 候选论点与候选论证树必须由 LLM argumentagent 生成；deterministic scripts 只负责输入打包、seed map、密度/溯源/schema 校验、候选文件落盘和 human selection 后的 canonical lock，不得默认代写论点。
Part 3 deterministic scripts 继续负责 seed map、schema 校验、source/wiki 回溯、候选文件落盘和 human selection 后的 canonical lock。
argumentagent 必须使用 part3-argument-generate、part3-argument-compare、part3-argument-stress-test、part3-argument-refine 与 part3-human-selection 的边界；不得绕过这些 skill 直接写 canonical。新增 Part 3 自动化不得直接写入 canonical outputs/part3/argument_tree.json，除非用户已经通过 human selection 接口明确选择候选树。
runtime/agents/part4_*.py 保存 Part 4 业务 agent 脚本；新增 outline 生成必须同时产出 paper_outline.json、outline_rationale.json 与 reference_alignment_report.json。outlineagent 只负责 Part 4 的章节论证路线、衔接逻辑和 alignment risk 判断；不得修改 Part 3 canonical argument tree，不得绕过 Part 4 validation，不得手动标记 Part 4 complete。writing-policy/reference_cases/ 保存中文论文参考案例，writing-policy/rubrics/ 保存章节结构 rubric；两者只约束结构与表达，不得作为 research evidence 混入 research-wiki/。Part 4 不再设置 outline_confirmed 人工 gate；三份 outline artifacts 通过校验后即可作为 Part 4 canonical completion，并允许自动进入 Part 5。
part4-outline-confirm 仅作为旧流程兼容 skill 保留，不属于正常 workflow surface。runtime/agents/part5_*.py 保存 Part 5 业务 agent 脚本；MVP 允许一个脚本支持多个 step，正常流程应自动执行 prep → draft → review → revise，并把产物保存在 outputs/part5/。writeagent / writeragent 是 Codex LLM 写作角色，不等同于 runtime/agents/part5_*.py 或 runtime/agents/part6_*.py；它只负责学术写作、保守修订、作者风格约束和语体收束，不得新增研究事实或直接写 review/audit/decision/state 产物。claimauditor 与 citationauditor 是 Part 5/6 风险审计 LLM roles；它们只能输出审计判断或由对应 skill 允许的 report/fragments，不得直接改稿、不得新增来源、不得写 readiness decision、不得自动确认 Part 6 human gates。Part 5 不再设置 writing_phase_authorized、part5_prep_confirmed、part5_review_completed 或 manuscript_v2_accepted 人工 gate；review/revision artifacts 仍必须完整生成并校验。
manuscript_v1.md 只能作为中间稿，不得作为 Part 5 canonical artifact 或 Part 6 handoff。part6_readiness_decision.json 只能表达 readiness verdict，不得自动授权或推进 Part 6。Part 6 docx export 只能由确定性脚本 runtime/agents/part6_docx_exporter.py 生成；LLM agent 不得直接生成或改写 .docx。
桌面 docx 副本必须命名为论文题目：~/Desktop/{论文题目}.docx。若同名文件已存在，实现应先备份旧文件，再写入同名新文件。
跳过相关性评估
绕过来源优先级策略
跳过真实性校验
用非 canonical artifacts 推进阶段
将 writing policy 材料混入 research evidence 层
将格式模板或 docx 导出产物混入 research evidence 层
在没有 human confirmation 的情况下推进 Part 1 intake 或 Part 3 argument tree selection
自动进入 Part 6，或把 part6_readiness_decision.json 当作 Part 6 授权
静默修复状态损坏
未经明确用户批准修改 docs/01_build_target.md 或 docs/02_architecture.md 的内容
What NOT to Change Without Explicit User Approval
docs/01_build_target.md 与 docs/02_architecture.md 的任何内容Immutable Constraints 列表
Stage gate 定义
Human-in-the-loop 节点列表
Canonical artifact 路径与 schema