README.md

9ème école de bioinformatique AVIESAN - IFB - INSERM (EBAII 2020)

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Du 04-10-2020 au 09-10-2020 à la Station biologique de Roscoff

Web site

• Web pages: https://ifb-elixirfr.github.io/EBAII/2020/

From there, you can also find a link to download the whole repository with git.

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Supports de cours

Linux

Cours	Intervenants	Supports
Introduction à Linux + arborescence	Denis Puthier, Gildas Le Corguillé, Claire Toffano-Nioche	pdf gslides
Qualités des lectures	Denis Puthier, Gildas Le Corguillé, Claire Toffano-Nioche	pdf gslides
Read mapping	Denis Puthier, Gildas Le Corguillé, Claire Toffano-Nioche	pdf gslides

R

Cours	Intervenants	Supports
Introduction à R	Thomas Denecker, Jacques van Helden, Hugo Varet	[pdf] [pptx] [odp]
Script		[R script]
Données		[expression.txt] [annotation.csv]
Serveur RStudio IFB		https://rstudio.cluster.france-bioinformatique.fr/
Serveur Jupyter IFB		https://jupyterhub.cluster.france-bioinformatique.fr/

Exposés d'ouverture

Cours	Intervenants	Supports
Single-cell	Bastien Job	pdf gslides
Long reads	Claude Thermes	ppt

Visualisation

Cours	Intervenants	Supports
Visualization of NGS Data using IGV (v2.4+) -- Documentation	Elodie Girard , Rachel Legendre, Olivier Quenez, Bastien Job	Intro Practical data

RNA-seq

Cours	Intervenants	Supports
Programme de l'atelier RNA-seq		Program
Bioinformatics	Rachel Legendre	pdf TP TP corrigé
General statistics	Hugo Varet	pdf
Practice SARTools	Hugo Varet	ZIP archive
Gene set analysis	Thibault Dayris	pdf R script
De novo assembly	Erwan Corre	pdf

Variants

Cours	Intervenants	Supports
Programme de l'atelier Variant		Program
Introduction	Maria Bernard, Olivier Rué	pdf gslides
Processing Post-Alignement	Olivier Rué	pdf gslides
Variant calling	Nadia Bessoltane	pdf gslides
Filtrage et annotation	Olivier Rué	pdf gslides
Variants structuraux	Olivier Quenez	pdf gslides
Applications sous R	Maria Bernard	html
Workflow et conclusion	Maria Bernard	pdf gslides
Schéma récapitulatif		Schema

ChIP-seq

Support	Lien
Partie théorique	gslides
Partie pratique	TD

Cours	Intervenants
Programme de l'atelier ChIP-seq	Program
Design expérimental, Contrôle qualité	Stéphanie Le Gras
Alignement	Stéphanie Le Gras
Contrôle qualité des alignements, visualisation	Tao Ye
Peak-calling	Stéphanie Le Gras
Analyse des motifs	Elodie Darbo
Annotation des pics	Tao Ye

Croisement et intégration des données

Cours	Intervenants	Supports
Croisement de données	Bastien Job, Claire Toffano-Nioche, Matthias Zytnicki	gslides pdf soluce soluce_v2
Intégration de données	Laura Cantini	pdf

Initiation Slurm

Cours	Intervenants	Supports
IFB Core Cluster - Introduction slides	Thomas Denecker, Gildas Le Corguillé, Julien Seiler	html