diff --git a/docs/.agents/issue.md b/docs/.agents/issue.md
index 48f959b..4cadad8 100644
--- a/docs/.agents/issue.md
+++ b/docs/.agents/issue.md
@@ -70,4 +70,12 @@
 - **后续防范**：① 需要承载 `.badge` 或 `canSelectMany` 等 `TreeViewOptions` 能力的视图，一律用 `createTreeView` 而非 `registerTreeDataProvider`（本仓 `hyperGit.changes` 已有先例）。② 多选命令正确性**只依赖处理器读取实参**（`clickedNode` + `selectedNodes[]`），不得依赖 `listMultiSelection` 上下文键——其对**自定义贡献视图**的可靠性无法确证，仅作菜单整洁的视觉优化；单目标命令因只读 `clickedNode` 即便该键失效仍安全。③ 「右键点击选区之外」须以点击项为准（手势目标优先），由归一化助手统一兜底。
 - **同类问题影响**：所有以 `registerTreeDataProvider` 注册却后续需要多选/角标的自定义 TreeView；以及误把单目标命令在多选下直接作用于「点击项」造成的隐性误操作。
 
+## #9 LOG 视图残留「已删分支」提交（实为工具注入的内部引用污染 `git log --all`）
+
+- **表因**：用户截图反馈 LOG 的 All 范围下，一批本应随分支删除而消失的提交仍以游离泳道残留；运行「清理已删远程分支」（#44，`git fetch --prune`）后**依旧存在**。
+- **根因**：`engine/log/log-query.ts` 的 `buildLogArgs` 对 `all`/`checkpointer` 范围下 `git log --all`。`--all` 遍历 `refs/` 下**全部**引用，不止 heads/remotes/tags——还包括宿主工具（如 Conductor）注入的 `refs/conductor-checkpoints/*`（会话快照）、`refs/conductor-archive-heads/*`（已删/被取代分支头的归档）。这些归档头让**真实的游离提交**（被 amend/rebase 取代、或分支删除后仅靠归档存活者）仍可达，画成游离泳道。而既有的客户端 `CHECKPOINT_SUBJECT_RE=/^checkpoint:/i` 过滤**只能拦住 checkpoint 元数据提交本身**，拦不住作为其祖先的游离业务提交——故泄漏。`git fetch --prune` 仅清理 `refs/remotes/*`，对上述非远端跟踪引用**完全无效**，这正是「prune 后依旧存在」的根因。实证：本仓 `--all` 取 241 提交、`--branches --tags --remotes` 仅 70；refs 命名空间 135 conductor-checkpoints + 17 conductor-archive-heads，远多于 3 heads/3 remotes/2 tags。
+- **处理方式**：`all` 范围由 `--all` 改为 `--branches --tags --remotes`（仅三大标准命名空间，排除一切工具注入的内部引用），根治游离泳道；`checkpointer` 范围**保留 `--all`**——该 Tab 的职责即「原始完整视图，含内部 checkpoint 快照」，需触达 `refs/conductor-checkpoints/*`。客户端 `keepCheckpoint` 过滤作为双保险保留。更新 `tests/unit/log-query.test.ts` 断言（`all` 含三件套、不含 `--all`；`checkpointer` 含 `--all`、不叠三件套）作回归护栏。
+- **后续防范**：① 「全分支视图」语义应映射到 `--branches --tags --remotes` 而非 `--all`——`--all` 是「全部引用」而非「全部分支」，二者差异恰是工具注入引用的污染面。② 客户端按提交 message 正则过滤是**漏的抽象**（拦不住作为祖先被带入的游离提交）；根治应在 ref 选取层（服务端参数）而非 subject 过滤层。③ **诊断 git 引用类问题时务必先 `git for-each-ref` 列出全部命名空间**——本案最初误判为「远端已删、本地未 prune」（#44 与一度推进的 prune-on-fetch 方案均为此误判），直到列出 refs 才发现真凶是 conductor-* 引用；「prune 无效」本身就是关键反证，应据其反向收敛而非强行加 prune。④ 修正「错漏逻辑」前先用 `git log --all` vs `--branches --tags --remotes` 的差集实证根因，避免再次基于关键字匹配机械式修改。
+- **同类问题影响**：所有在带「工具注入内部引用」环境（IDE/Agent checkpoint、`refs/stash`、`refs/replace/*`、`refs/notes/*` 等）下展示 `git log --all` 图的 Git GUI；凡把「范围 = 引用集合」与「范围 = message 过滤」混为一谈的实现均可能漏过游离提交。
+
 
diff --git a/src/engine/log/log-query.ts b/src/engine/log/log-query.ts
index 6134437..e77ddfa 100644
--- a/src/engine/log/log-query.ts
+++ b/src/engine/log/log-query.ts
@@ -12,11 +12,15 @@ import { LOG_GRAPH_FORMAT } from './log-line';
 
 /**
  * 提交范围（工具栏互斥单选）：
- * - `all` = 全分支（`--all`），剔除 checkpoint 自动提交（干净的人类历史，默认）；
+ * - `all` = 仅 heads/tags/remotes（`--branches --tags --remotes`），呈现干净的人类历史（默认）。
+ *   关键：不使用 `--all`——`--all` 会遍历 `refs/` 下全部引用，把工具注入的内部引用（如
+ *   `refs/conductor-checkpoints/*`、`refs/conductor-archive-heads/*`）所携带的游离/陈旧提交也画成
+ *   游离泳道污染视图，且 `git fetch --prune` 对这类非 `refs/remotes/*` 引用无效。显式收敛到三大
+ *   标准命名空间即可根治。客户端仍据 {@link LogClientFilter.keepCheckpoint} 剔除 checkpoint 自动提交（双保险）。
  * - `current` = 当前分支（HEAD），剔除 checkpoint 自动提交；
- * - `checkpointer` = 全分支（`--all`），保留 checkpoint 自动提交（原始完整视图）。
+ * - `checkpointer` = 全分支（`--all`），保留 checkpoint 自动提交（原始完整视图，含内部 checkpoint 快照）。
  * checkpoint 的保留/剔除由 adapter 层据 scope 注入 `LogClientFilter.keepCheckpoint`，
- * engine query 层仅据本类型决定 `--all` 分支范围，对 checkpoint 概念无感知（职责单一）。
+ * engine query 层仅据本类型决定分支范围，对 checkpoint 概念无感知（职责单一）。
  */
 export type LogScope = 'all' | 'current' | 'checkpointer';
 
@@ -33,8 +37,13 @@ export interface LogQueryOptions {
  */
 export function buildLogArgs(filter: LogFilter | undefined, scope: LogScope, opts: LogQueryOptions): string[] {
 	const args: string[] = ['--topo-order'];
-	if (scope === 'all' || scope === 'checkpointer') {
+	if (scope === 'checkpointer') {
+		// 原始完整视图：遍历 refs/ 全部引用，含 conductor 等工具的 checkpoint 快照与归档头。
 		args.push('--all');
+	} else if (scope === 'all') {
+		// 干净视图：仅 heads/tags/remotes，排除 refs/conductor-* 等工具注入的内部引用，
+		// 以免其携带的游离/陈旧提交以游离泳道污染人类历史（`--all` 无法排除，prune 亦触不及）。
+		args.push('--branches', '--tags', '--remotes');
 	}
 	args.push(`--max-count=${opts.maxCount}`);
 	if (opts.skip && opts.skip > 0) {
diff --git a/tests/unit/log-query.test.ts b/tests/unit/log-query.test.ts
index 5a8407b..3c3be5b 100644
--- a/tests/unit/log-query.test.ts
+++ b/tests/unit/log-query.test.ts
@@ -9,13 +9,20 @@ describe('buildLogArgs — 顺序与必选项', () => {
 		expect(buildLogArgs(noFilter, 'all', { maxCount: 300 })[0]).toBe('--topo-order');
 	});
 
-	it('scope=all 含 --all；scope=current 不含', () => {
-		expect(buildLogArgs(noFilter, 'all', { maxCount: 300 })).toContain('--all');
+	it('scope=all 用 --branches --tags --remotes（排除工具注入的内部引用）；不含 --all', () => {
+		const allArgs = buildLogArgs(noFilter, 'all', { maxCount: 300 });
+		expect(allArgs).toContain('--branches');
+		expect(allArgs).toContain('--tags');
+		expect(allArgs).toContain('--remotes');
+		// 关键回归护栏：不得回退到 --all（否则 refs/conductor-* 等内部引用会污染视图）
+		expect(allArgs).not.toContain('--all');
 		expect(buildLogArgs(noFilter, 'current', { maxCount: 300 })).not.toContain('--all');
 	});
 
-	it('scope=checkpointer 与 all 同为全分支（含 --all）', () => {
-		expect(buildLogArgs(noFilter, 'checkpointer', { maxCount: 300 })).toContain('--all');
+	it('scope=checkpointer 用 --all（原始完整视图，含内部 checkpoint 引用）且不叠三件套', () => {
+		const cpArgs = buildLogArgs(noFilter, 'checkpointer', { maxCount: 300 });
+		expect(cpArgs).toContain('--all');
+		expect(cpArgs).not.toContain('--branches');
 	});
 
 	it('max-count 与 skip', () => {