MdtSl/ParserPDB.py at master · M1-BIBS-Python/MdtSl · GitHub

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#!/usr/bin/env python
# -*- coding : utf8 -*-

"""
Authors: Maud De Tollenaere & Severine Liegeois
Contact: de.tollenaere.maud@gmail.com & sliegeois@yahoo.fr
Date: 02/05/2017
Description: Script containing functions useful for parsing PDB files (i.e. 3D structures of proteins).
"""

def PDBparser(pdbFile, list_dom):
    """
    Parse un fichier pdb au format ATOM en un dictionnaire utilisable par Python.
    :param pdbFile: Fichier pdb (format ATOM) contenant les coordonnees des atomes d'une proteine.
    :param list_dom: Liste des domaines a traiter.
    :return: Un dictionnaire utilisable par Python.
    """

    with open(pdbFile) as f:
        molecule = {}  # dictionnaire le plus externe
        chainList = []

        cptAlt = False

        for line in f:
            if line[:4:] == 'ATOM':  # si la ligne commence par 'ATOM'
                if cptAlt == False:
                    alt = line[16]
                    cptAlt = True

                if line[16] == alt:
                    chaine = line[72:76].strip()

                    if chaine in list_dom:

                        if chaine not in chainList:
                            chainList.append(chaine)
                            molecule[chaine] = {}
                            resList = []

                        curres = line[22:26].strip()

                        if curres not in resList:
                            resList.append(curres)
                            molecule[chaine][curres] = {}
                            atomList = []
                            molecule[chaine][curres]['resname'] = line[17:20].strip()

                        atom = line[12:16].strip()
                        if atom not in atomList:
                            atomList.append(atom)
                            molecule[chaine][curres][atom] = {}

                        molecule[chaine]['reslist'] = resList
                        molecule[chaine][curres]['atomlist'] = atomList

                        molecule[chaine][curres][atom]['x'] = float(line[30:38])
                        molecule[chaine][curres][atom]['y'] = float(line[38:46])
                        molecule[chaine][curres][atom]['z'] = float(line[46:54])
                        molecule[chaine][curres][atom]['id'] = line[6:11].strip()

    return molecule


def PDBparserConf(list, list_dom):
    """
    Parse une liste contenant les donnees du fichier pdb correspondant a une conformation d'une proteine.
    :param list: Liste contenant les donnees du fichier pdb pour une conformation de proteine.
    :param list_dom: Liste des domaines a traiter.
    :return: Un dictionnaire utilisable par Python.
    """
    molecule = {}  # dictionnaire le plus externe
    chainList = []

    cptAlt = False

    for line in list:
        if line[:4:] == 'ATOM':  # si la ligne commence par 'ATOM'
            if cptAlt == False:
                alt = line[16]
                cptAlt = True

            if line[16] == alt:
                chaine = line[72:76].strip()

                if chaine in list_dom:

                    if chaine not in chainList:
                        chainList.append(chaine)
                        molecule[chaine] = {}
                        resList = []

                    curres = line[22:26].strip()

                    if curres not in resList:
                        resList.append(curres)
                        molecule[chaine][curres] = {}
                        atomList = []
                        molecule[chaine][curres]['resname'] = line[17:20].strip()

                    atom = line[12:16].strip()
                    if atom not in atomList:
                        atomList.append(atom)
                        molecule[chaine][curres][atom] = {}

                    molecule[chaine]['reslist'] = resList
                    molecule[chaine][curres]['atomlist'] = atomList

                    molecule[chaine][curres][atom]['x'] = float(line[30:38])
                    molecule[chaine][curres][atom]['y'] = float(line[38:46])
                    molecule[chaine][curres][atom]['z'] = float(line[46:54])
                    molecule[chaine][curres][atom]['id'] = line[6:11].strip()

    return molecule


def PDBparserMulti(pdbFile, list_dom):
    """
    Parse un fichier pdb au format ATOM contenant plusieurs proteines en un dictionnaire.
    :param pdbFile: Fichier pbd (format ATOM) contenant plusieurs proteines.
    :param list_dom: Liste des domaines a traiter.
    :return: Un dictionnaire utilisable par Python.
    """
    with open(pdbFile) as f:

        frames = {}  # dictionnaire contenant toutes les conformations
        conf = []  # donnees du pdb correspondant a la conformation
        model = ""

        for line in f:
            if "MODEL" in line:
                if model != "":
                    frames[model] = PDBparserConf(conf, list_dom)

                conf = []
                model = line[10:14].strip()

            else:
                conf.append(line)

        frames[model] = PDBparserConf(conf, list_dom)  # on parse la derniere conformation

    return frames