LesMugiwaras/DistancesCentre.py at master · M1-BIBS-Python/LesMugiwaras · GitHub

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#!/usr/bin/env python
#-*- coding : utf8 -*-

"""
Auteur : HENRIQUES Adrien et ARBES Hugo
date : 28/04/2017
Programme Distances : calcul des centres de masse pour chaque conformation et
la distance separant chaque centre de masse d'un residu du centre de masse de la proteine.
Permet egalement l'affichage graphique de ces distances en fonction de chaque residu
et l'affichage des RMSD locales en fonction de ces distances
"""

from math import sqrt
from matplotlib import pyplot as plt

from CentresDeMasse import CentreMasseProt
from CentresDeMasse import CentreMasseResidu


# Fonction prenant en argument le dictionnaire des conformations de la proteine
def DistanceCentre(dico_proteine):

	compteur_prot = 0
	distance_centre = {}
	centre_masse_prot = CentreMasseProt(dico_proteine)

	for Proteine in dico_proteine.keys():								# Pour chaque conformation de la proteine
		compteur_prot += 1
		for Chaine in dico_proteine[Proteine].keys():					# Pour chaque chaine de cette conformation
			if Chaine not in distance_centre.keys():					# Si elle n'existe pas
				distance_centre[Chaine] = {}							# On cree son dictionnaire correspondant

			for Residu in dico_proteine[Proteine][Chaine].keys():		# Pour chaque residu de la chaine
				if Residu not in distance_centre[Chaine].keys():		# S'il n'existe pas
					distance_centre[Chaine][Residu] = 0					# On cree son dictionnaire correspondant
				parcourt = CentreMasseResidu(dico_proteine[Proteine][Chaine][Residu])		# On stocke la valeur du centre de masse de ce residu


				# On calcule la distance au centre des differentes conformation de la proteine pour chaque residu et on fait leur moyenne
				# On pondere la moyenne obtenue au tour de boucle precedent pour eviter tout biais dans le calcul
				# On utilise cette formule pour ne pas avoir a refaire une boucle pour tout parcourir et diviser par le nombre de chaines de la proteine
				distance_centre[Chaine][Residu] = ((distance_centre[Chaine][Residu]*(compteur_prot-1)) +
													sqrt(
													pow(centre_masse_prot[Proteine]['x']-parcourt['x'],2) +
													pow(centre_masse_prot[Proteine]['y']-parcourt['y'],2) +
													pow(centre_masse_prot[Proteine]['z']-parcourt['z'],2))
													) / compteur_prot

	return distance_centre												# On retourne le dictionnaire des distances au centre moyennes de chaque residu

#Fonction prenant en argument le dictionnaire des distances au centre et tracant le graphe de ces distances moyennes pour chaque position de residu
def GraphDesDistances(dico_distances_centre):

	x = list()
	y = list()

	for chaine in sorted(dico_distances_centre.keys()): 				# Pour chaque chaine de la proteine
		for position in sorted(dico_distances_centre[chaine].keys()):	# Pour chaque position de residu
			x.append(position)											# Concatenation de la position du residu dans la liste x
			y.append(dico_distances_centre[chaine][position])			# Concatenation de chaque distance au centre moyenne dans la liste y

	plt.plot(x, y)														# Graphique des distances au centre moyennes en fonction des positions pour chaque residu
	plt.title("Enfouissement des Residus")
	plt.xlabel("Positions")
	plt.ylabel("Eloignement du Centre")
	plt.show()

	return ()

def GraphEnfouissementRMSD(dicoRmsdloc,dico_distances):

	dico_graph = {}														# On cree le dictionnaire des RMSD et distances au centre

	for chaine in dicoRmsdloc.keys(): 									# Pour chaque chaine de la proteine
		for position in sorted(dicoRmsdloc[chaine].keys()):				# Pour chaque position de residu
			enfouissement = dico_distances[chaine][position]			# On stocke la distance
			dico_graph[enfouissement] = dicoRmsdloc[chaine][position]	# On stocke la RSMD correpondante

	x = list()
	y = list()

	for enfouissement in sorted(dico_graph.keys()): 					# Pour chaque distance au centre du residu
			x.append(enfouissement)										# Concatenation de l'enfouissement du residu dans la liste x
			y.append(dico_graph[enfouissement])							# Concatenation de la RMSD correspondante dans la liste y

	plt.plot(x, y)														# Graphique des distances au centre moyennes en fonction des positions pour chaque residu
	plt.title("RMSD moyennes des residus en fonction de leur enfouissement")
	plt.xlabel("Distance moyenne au centre")
	plt.ylabel("RMSD moyenne")
	plt.show()

	return ()