LesCodeursDuDimache/globalCC.py at master · M1-BIBS-Python/LesCodeursDuDimache · GitHub

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import os, sys
import rmsd as r
import structureTools_TaylorArnaud as st

if __name__ == '__main__':
	monDico = dict()

	if (len(sys.argv) == 4):
		prot1 =sys.argv[1]
		prot2 =sys.argv[2]
		ficAtome=sys.argv[3]
		print("Fichier ",ficAtome," fourni comme fichier d'atomes !")
	elif (len(sys.argv)== 3):
		prot1 =sys.argv[1]
		prot2 =sys.argv[2]
		print("Default mode !")
	else:
		print("Le format d'entrée attendu est : structureTools_TaylorArnaud.py fichier_1.PDB fichier_2.PDB [atomes.txt]")
		exit()

	#########################################
	# Etape 1 : RMSD de chaque conformation #
	#########################################

	#~ # Lecture des PDBs
	dico_structure_Ref = st.lirePDB(prot1)
	dico_dynamique = st.lirePDB(prot2)

	# Création des listes des objets à traiter
	model_ref = list(dico_structure_Ref.keys()).pop()
	res=dict()
	for model_dyn in dico_dynamique.keys():
		res[model_dyn] = r.rmsd(dico_structure_Ref,dico_dynamique,model_ref,model_dyn,['CA','O','N','C5'])

	#~ #Visualisation avec un nuage de points = Mieux
	r.drawRMDS(res, title="RMSD vs Time")

	st.createPDBMultiThreads(dico_structure_Ref,"Refs")
	st.createPDBMultiThreads(dico_dynamique,"Frames")

	#########################################
	##### Etape 2 : RMSD des 5 domaines #####
	#########################################
	refId =list()
	refNames = os.listdir("./Refs")
	#Récupération des noms de domaines possibles
	for a in refNames:
		if(a[0:2] not in refId):
			refId.append(a[0:2])

	dicConfs = dict()
	# Parcours des domaines possibles
	for dom in refId:
		#Extraction des conformations possibles pour le domaine d'intérêt
		currentDom=st.lecture_dossier("./",dom+'*') 	# Récupération du chemin de tous les fichiers associé au domaine dom
		confRef = st.lirePDB(currentDom[0][0]) 		# Chemin de la conformation de référence
		y = list(confRef.keys())
		y = int(y.pop())

		for dyn in currentDom[1]: 			# Parcours des fichiers de conformation
			fic = st.lirePDB(dyn)

			z = int(list(fic.keys()).pop()) # Récupération du numéro de modèle
			#~ z = int(z.pop())
			if z not in dicConfs.keys():
				dicConfs[z] ={} 			# Sauvegarde nouvelle configuration

			w = r.rmsd(confRef,fic,y,z,['CA','O','N','C5'])		# Calcul du RMSD pour chaque configuration
			if(w != None):					# Si calcul possible (CA alignés)
				dicConfs[z][dom]= w			# Sauvegarde

	############################################
	####### Ecriture du fichier de sortie ######
	############################################
	toDraw = dict()
	with open("ficOut","w") as fic: #
		for conf in dicConfs.keys():
			fic.write("MODEL      "+str(conf)+"\n")
			fic.write("G-RMSD     "+str(res[conf])+"\n") # Ecriture du RMSD global

			for dom in dicConfs[conf].keys():
				fic.write(str(dom)+"\t"+str(dicConfs[conf][dom])+"\n")   # Ecriture du RMSD pour les 5 domaine de la configuration

				if dom not in toDraw.keys():
					toDraw[dom]={}#Dico pour la visualisation

				toDraw[dom][conf]=dicConfs[conf][dom] #Ajoute du RMSD pour chaque couple (domaine,config)


	####################################
	##### Représentation graphique #####
	####################################
	for dom in toDraw.keys():
		r.drawRMDS(toDraw[dom],title="flexibility of "+str(dom)+".")

	#################################################################
	##### Identifications des résidus appartenant à l'interface #####
	#################################################################