LesBellesGosses/Global.py at master · M1-BIBS-Python/LesBellesGosses · GitHub

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#!/usr/bin/env python
#-*- coding : utf8 -*-

"""
Author : LesBellesGosses
Description : Projet Barstar
Analyse Globale: etude de la deviation et le changement du rayon de giration de Barstar au cours du temps
"""

import WriteFile as writefile
import StructureTools as ST


#calcul de RMSD global
def RMSDglobal(dico,dico_ref):
    """but : Calculer le RMSD entre chaque conformation et la structure d'origine
    input : dictionnaire de la proteine et dictionnaire de la proteine de la structure d'origine
    output : dictionnaire contenant pour chaque conformation le RMSD global
    """
    dico_RMSD={}
    for key in dico:
        list_delta=[]
        for chain in dico[key]["chains"]:
            for res in dico[key][chain]["reslist"]:
                list_delta.append(ST.Distance(float(dico[key][chain][res]['CA']['x']),float(dico[key][chain][res]['CA']['y']),float(dico[key][chain][res]['CA']['z']),float(dico_ref['0'][chain][res]['CA']['x']),float(dico_ref['0'][chain][res]['CA']['y']),float(dico_ref['0'][chain][res]['CA']['z']))) # compare dist entre les Ca
        dico_RMSD[key]=ST.RMSD(list_delta)
    return dico_RMSD


#calcul de giration
def giration(dico):
    """but : calculer le rayon de giration de chaque conformation
    input : un dictionnaire de proteine
    output : un dictionnaire contenant pour chaque conformation la valeur du rayon de giration associee
    """
    dico_Giration={}
    for key in dico:
        dico_CM=ST.CMglob(dico[key])
        list_dist=[]
        for res in dico_CM:
            if res != "residulist":
                list_dist.append(ST.Distance(dico_CM["prot"][0],dico_CM["prot"][1],dico_CM["prot"][2],dico_CM[res][0],dico_CM[res][1],dico_CM[res][2]))
        dico_Giration[key]=max(list_dist) #on prend la distance maximale
    return dico_Giration


def Global(fichier,dico_ref,path):
    """but: Analyse des changements conformationnels globaux de la proteine
    input: Un fichier pdb, un dictionnaire de la structure d'origine, un chemin de repertoire que l'utilisateur avait fourni
    """
    print "Parsing:",fichier
    dico=ST.ParsingPDB(fichier) #Parse le fichier pdb
    list_temps=ST.Temps(fichier)

    #calcul RMSD de chaque conformation par rapport a la structure d'origine
    #et calcul du rayon de giration de chaque conformation
    dico_RMSD=RMSDglobal(dico,dico_ref)
    dico_Giration=giration(dico)

    writefile.writefile_glob(dico,dico_RMSD,dico_Giration,fichier,path)


	####Analyse : Representations graphiques ###################

    list_conformation=sorted(int(i) for i in dico_RMSD.keys()) #numero de conformation trie

    #Variation du RMSD en fonction du temps
    title='Analyse Globale : Evolution du RMSD en fonction du temps'
    l2=[]
    not l2
    ST.graph(dico_RMSD,list_temps,l2,title,"RMSD","temps (ps)")

    #Variation du rayon de giration en fonction du temps
    title='Analyse Globale : Evolution du rayon de giration en fonction du temps'
    ST.graph(dico_Giration,list_temps,l2,title,"rayon de giration","temps (ps)")

    #Variation du RMSD et Giration en fonction de la conformation
    title='Analyse globale : Variation RMSD/Giration en fonction de la conformation'
    ST.graph(dico_RMSD,list_conformation,dico_Giration,title,"[RMSD (rouge),Giration (bleu)]","conformation") #Il y autant de conformation que de mesures de temps