LaVillaDesCoeursBrises/parserPDB.py at master · M1-BIBS-Python/LaVillaDesCoeursBrises · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
#!/usr/bin/env python
#-*- coding : utf8 -*-

from math import *
import string
import re
import sys
import os


def ParserPDB(PDBfile):

    try:
		PDB_file = open(PDBfile,'r')
    except:
		print "L'ouverture a echoue"
		sys.exit(1)

    lines = PDB_file.readlines()

    dico_PDB = {}
    Flag = False

    for line in lines:

		if line[0:5] == "MODEL":
			num_model = int(string.strip(line[10:14]))
			dico_PDB[num_model] = {}
			num_model = int(num_model)
			dico_PDB[num_model]["Liste_Chaines"] = []  # numero du residu
			dico_PDB[num_model]["ResList"] = []     # noms des residus
			# le dictionnaire a la cle "Liste_Chaines" qui prend une liste

												   # Pour toutes les lignes qui commencent par ATOM (celles qui ont des atomes)
		elif line[0:4] == "ATOM":
			chain = line[24:27]
												   # on ne selectionne que les lignes qui contiennent des ATOM
			if chain not in dico_PDB[num_model]["Liste_Chaines"]:
				dico_PDB[num_model]["Liste_Chaines"].append(chain)
				dico_PDB[num_model]["ResList"].append(string.strip(line[17:20]))
				dico_PDB[num_model][chain] = {}
                                                    # pour la cle number ayant pour cle "resname"
			if dico_PDB[num_model][chain].has_key("resname") == False:
				dico_PDB[num_model][chain]["resname"] = string.strip(line[17:20])
				dico_PDB[num_model][chain]["atomlist"] = []  # a pour cle atomlist et prend une liste

			atome = string.strip(line[13:16])

			dico_PDB[num_model][chain]["atomlist"].append(atome) # ajout de l'atome a la liste

			dico_PDB[num_model][chain][atome] = {}    # cree un dictionnaire dans dico_PBD[chain][number]

			dico_PDB[num_model][chain][atome]["x"] = float(line[30:38])
			dico_PDB[num_model][chain][atome]["y"] = float(line[38:46])
			dico_PDB[num_model][chain][atome]["z"] = float(line[46:54])
			dico_PDB[num_model][chain][atome]["id"] = line[7:11].strip()


    PDB_file.close()
    return(dico_PDB)

test = ParserPDB("md_prot_only_skip100.pdb")
#~ print test


def centredemasse(dico_PDB) :

    """ Fonction qui calcule les coordonnees du centre de masse d'une proteine a partir du fichier PDB parse
        Entree : un dictionnaire (fichier PDB d'origine parse)
        Sortie : un dictionnaire contenant les coordonnees (x, y, z) du centre de masse de la proteine
    """


    dico_atomes = dict()
    dico_atomes["H"]=1
    dico_atomes["0"]=16
    dico_atomes["N"]=14
    dico_atomes["S"]=32

    dict_coord = {}

    massTot = 0


    for chain in range(0, len(dico_PDB)):
        x=y=z=0
        cpt = 0
        ResList=dico_PDB[chain]["Liste_Chaines"]
        for res in ResList:
            atomlist = dico_PDB[chain][res]["atomlist"]
            for atom in atomlist:
                #~ for key in dico_atomes.keys():
                    #~ mass = dico_atomes[key]
                x +=  dico_PDB[chain][res][atom]['x']
                y +=  dico_PDB[chain][res][atom]['y']
                z +=  dico_PDB[chain][res][atom]['z']
                #massTot += mass
                cpt+=1

        dict_coord['x']= x/cpt
        dict_coord['y']= y/cpt
        dict_coord['z']= z/cpt

    return dict_coord


dictionnaire = ParserPDB("md_prot_only_skip100.pdb")
CDM = centredemasse(dictionnaire)
#~ print dic
print CDM


def rayon1(xA, x0, yA, y0, zA, z0):
	return sqrt((xA-x0)**2+(yA-y0)**2+(zA-z0)**2)


def gir_global(dico_PDB, CDM):
	lst_memoire=[]

	for chain in range(0,len(dico_PDB)):
		xA=yA=zA=0
		rayon_max=0
		ResList=dico_PDB[chain]["Liste_Chaines"]
		for res in ResList:
			atomlist = dico_PDB[chain][res]["atomlist"]
			for atom in atomlist:
					xA=dico_PDB[chain][res][atom]["x"]
					yA=dico_PDB[chain][res][atom]["y"]
					zA=dico_PDB[chain][res][atom]["z"]

					rayon=rayon1(xA, CDM['x'], yA, CDM['y'], zA, CDM['z'])
					if rayon>=rayon_max :
						rayon_max=rayon


		lst_memoire.append(rayon_max)


	return(lst_memoire)

calcul_gir = gir_global(dictionnaire, CDM)
print calcul_gir

def gir_local(dico_PDB, CDM):
	lst_memoire_loc=[]

	for chain in range(0,len(dico_PDB)):
		xA=yA=zA=0
		rayon_max=0
		ResList=dico_PDB[chain]["Liste_Chaines"]
		for res in ResList:
			atomlist = dico_PDB[chain][res]["atomlist"]
			for atom in atomlist:
					if atom=="CA" :
						xA=dico_PDB[chain][res][atom]["x"]
						yA=dico_PDB[chain][res][atom]["y"]
						zA=dico_PDB[chain][res][atom]["z"]

						rayon=rayon1(xA, CDM['x'], yA, CDM['y'], zA, CDM['z'])
						if rayon>=rayon_max :
							rayon_max=rayon


			lst_memoire_loc.append(rayon_max)


	return(lst_memoire_loc)

calcul_gir_loc = gir_local(dictionnaire, CDM)
print calcul_gir_loc