ORACLE_MATRIX.md

命令行基准覆盖

是表示已有永久 upstream 2.4.0 基准；部分表示代表性覆盖；否表示暂无基准。

模型	基础输出	链方向	多记录	阈值/Best-N	次优路径	低内存
ungapped	是	部分	否	部分	是	是
ungapped:trans	是	部分	是	是	是	是
affine:global	是	部分	否	部分	是	是
affine:bestfit	是	部分	否	部分	是	是
affine:local	是	部分	是	是	是	是
affine:overlap	是	部分	否	否	是	是
protein2dna	是	是	否	部分	部分	不适用
protein2dna:bestfit	是	部分	否	否	部分	不适用
est2genome	是	部分	是	是	部分	是
protein2genome	是	是	是	部分	部分	是
protein2genome:bestfit	是	部分	否	否	部分	部分
coding2coding	是	不适用	否	否	是	不适用
coding2genome	是	是	是	是	是	是
cdna2genome	是	是	是	是	部分	是
genome2genome	是	是	是	是	部分	是
ner	是	部分	是	是	是	是

跨模型检查

功能	状态
help、version、别名	是
FASTA byte chunk	是
反序 ID 的多记录排序	是
默认 score/subopt	是
非法参数与类型冲突	部分
pretty 与通用 RYO	是
页眉/页脚	是
GFF2	不在范围内

低内存基准包含零分 NER 和 splice-boundary genome2genome 的原子 %P transition 等价性。