info.Rmd

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title: "Informations Complémentaires"
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#Les scripts

<p style="text-align:justify";>Vous pouvez trouver les scripts réalisés dans le cadre du stage  <a href="https://github.com/FlorianCHA/Script/" target="_blank">ici</a> et toute la documentation <a href="https://floriancha.github.io/Script/index.html" target="_blank">ici</a></p>


        
# Tableau des souches
<p style="text-align:justify";>Ici se trouvera la liste de toutes les souches avec les informations complémentaires (d'où provient la souche, projet gemo, pacbio etc ....)</p>

Pour rappel :

* 48 assemblages ont été selectionnés dans l'assemblage des souches provenant des terrasses.
* 19 assemblages ont été selectionnés dans l'assemblage des souches séquencées par Adel.
* 81 assemblages ont été récupérés dans la litterature (<a href=http://mbio.asm.org/content/9/1/e01219-17 target=_blank>mBio</a>)



&nbsp;

```{r knitr setup, include=FALSE,  eval=TRUE, echo=FALSE, warning=FALSE}
# knitr::opts_chunk$set(echo=TRUE, eval=TRUE, cache=TRUE, message=FALSE, warning=FALSE, comment="")

library(knitr)
options(width=300)
knitr::opts_chunk$set(
  fig.width = 10, 
  fig.height = 5, 
  fig.align = "center", 
  size = "tiny", 
  echo = TRUE, eval=TRUE, 
  warning = FALSE, message = FALSE, 
  results = TRUE, comment = "")
# knitr::asis_output("\\footnotesize")

```



```{r Packages, echo=FALSE}

if(!require("knitr"))
  {
  install.packages('knitr')
}
if(!require("DT"))
  {
  install.packages('DT')
  }
library('knitr')
library('DT')
```

```{r datatable, echo=FALSE}
data <- read.table('data/Informations_Complémentaires.csv',header = T,sep = ',')
rownames(data) <- data$Id
data <- data[,2:length(data)]
datatable(data,escape = FALSE, extensions = 'Buttons', options = list(dom = 'Blfrtip',buttons = c('copy', 'csv', 'excel', 'pdf', 'print')))
```

<!-- ```{r data Terrasses, echo=FALSE} -->
<!-- ############################ Assemblage terrasses ########################################### -->
<!-- dataQuality <-c() -->
<!-- WD <- './StatQuality/' -->
<!-- file.quality <- file.path(WD,'QualityR_terrasses') -->
<!-- dataQ <- read.table(file=file.quality, sep="\t", header=TRUE) -->
<!-- idS <- c() -->
<!-- idSouche <- c() -->
<!-- for (i in 1:nrow(dataQ)) -->
<!-- { -->
<!--   idS<- toString(dataQ[i,11]) -->
<!--   idSouche <- c(idSouche,substr(idS,0,9)) -->
<!-- } -->
<!-- dataQuality <-dataQ[,1:10] -->
<!-- rownames(dataQuality) <- idSouche -->
<!-- kmère <- c(20,30,40,50,60,70,80,90) -->
<!-- Id <- c() -->
<!-- j <- 1 -->
<!-- N50 <- data.frame(matrix(NA,ncol=length(kmère),nrow = (nrow(dataQuality)/8))) -->
<!-- for (i in 1:(nrow(dataQuality)/8)) -->
<!-- { -->
<!--   Ids <- rownames(dataQuality[i*8,]) -->
<!--   Id <- c(Id,substr(Ids,0,6)) -->
<!--   N50[i,] <- dataQuality[j:(i*8),6] -->
<!--   j <- i*8+1 -->
<!-- } -->
<!-- rownames(N50) <- Id -->
<!-- colnames(N50) <- kmère -->
<!-- selection <- data.frame(matrix(NA,ncol= ncol(dataQuality) ,nrow = (nrow(dataQuality)/8))) -->
<!-- id.select <- c() -->
<!-- for (i in 1:nrow(N50)) -->
<!-- { -->
<!--   bestKmer <- colnames(N50[i,])[which(N50[i,] == max(N50[i,]), arr.ind = TRUE)[2]] -->
<!--   newId <- paste(rownames(N50[i,]),toString(bestKmer),sep = '_') -->
<!--   id.select <- c(id.select,newId) -->
<!--   selection[i,] <-  dataQuality[rownames(dataQuality) ==newId,] -->
<!-- } -->
<!-- colnames(selection) <- colnames(dataQuality) -->
<!-- rownames(selection) <- id.select -->
<!-- select <- selection$N50 >= 25000 -->
<!-- unSelect <- selection$N50 < 25000 -->
<!-- dataSelect <- rownames(selection[select,]) -->
<!-- dataUnSelect <- rownames(selection[unSelect,]) -->
<!-- projet = c() -->
<!-- statut = c() -->
<!-- hôte = c() -->
<!-- organisme = c() -->
<!-- groupeSelect <- c('terrasse_c','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_b','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_b','1','terrasse_c','terrasse_c','1','terrasse_c','3','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_c','3','terrasse_c','terrasse_c','3','terrasse_c','terrasse_c','5','a','terrasse_c','terrasse_b','3','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_a','terrasse_a','1','terrasse_a','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_c','3','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_c','terrasse_c') -->
<!-- groupeUnSelect <- c('3','NA','3','3','2','4','2','NA','1','1',' 1','1','4','3','2','3','1','1') -->
<!-- for (i in 1:length(dataSelect)) -->
<!-- { -->
<!--   statut = c(statut,'Sélectionné') -->
<!--   hôte = c(hôte,paste('Rice, lineage :',groupeSelect[i])) -->
<!--   organisme = c(organisme,'Magnaporthe oryzae') -->
<!--   projet = c(projet,"<a href='rapport30.html' target='_blank'>Assemblage souche terrasses</a'>") -->
<!-- } -->
<!-- for (i in 1:length(dataUnSelect)) -->
<!-- { -->
<!--   statut = c(statut,'Non sélectionné') -->
<!--   hôte = c(hôte,paste('Rice, lineage :',groupeUnSelect[i])) -->
<!--   organisme = c(organisme,'Magnaporthe oryzae') -->
<!--   projet = c(projet,"<a href='rapport30.html' target='_blank'>Assemblage souche terrasses</a'>") -->
<!-- } -->

<!-- dataTerrasses <- data.frame(projet,hôte,organisme,statut) -->
<!-- rownames(dataTerrasses) <- c(dataSelect, dataUnSelect) -->
<!-- ``` -->

<!-- ```{r Data Adel, echo = FALSE} -->
<!-- ############################ Assemblage souche Adel ########################################### -->
<!-- dataQuality <-c() -->
<!-- file.quality <- file.path(WD,'QualityR_Adel') -->
<!-- dataQ <- read.table(file=file.quality, sep="\t", header=TRUE) -->
<!-- idS <- c() -->
<!-- idSouche <- c() -->
<!-- for (i in 1:nrow(dataQ)) -->
<!-- { -->
<!--   idS<- toString(dataQ[i,11]) -->
<!--   idSouche <- c(idSouche,substr(idS,0,9)) -->
<!-- } -->

<!-- dataQ[,11] <- idSouche -->
<!-- dataQuality <-dataQ[,1:10] -->
<!-- rownames(dataQuality) <- idSouche -->

<!-- kmère <- c(20,30,40,50,60,70,80,90) -->
<!-- Id <- c() -->
<!-- j <- 1 -->
<!-- N50 <- data.frame(matrix(NA,ncol=length(kmère),nrow = (nrow(dataQuality)/8))) -->
<!-- for (i in 1:(nrow(dataQuality)/8)) -->
<!-- { -->
<!--   Ids <- rownames(dataQuality[i*8,]) -->
<!--   Id <- c(Id,substr(Ids,0,6)) -->
<!--   N50[i,] <- dataQuality[j:(i*8),6] -->
<!--   j <- i*8+1 -->
<!-- } -->
<!-- rownames(N50) <- Id -->
<!-- colnames(N50) <- kmère -->
<!-- selection <- data.frame(matrix(NA,ncol= ncol(dataQuality) ,nrow = (nrow(dataQuality)/8))) -->
<!-- id.select <- c() -->
<!-- for (i in 1:nrow(N50)) -->
<!-- { -->
<!--   bestKmer <- colnames(N50[i,])[which(N50[i,] == max(N50[i,]), arr.ind = TRUE)[2]] -->
<!--   newId <- paste(rownames(N50[i,]),toString(bestKmer),sep = '_') -->
<!--   id.select <- c(id.select,newId) -->
<!--   selection[i,] <-  dataQuality[rownames(dataQuality) == newId,] -->

<!-- } -->
<!-- colnames(selection) <- colnames(dataQuality) -->
<!-- rownames(selection) <- id.select -->

<!-- select <- selection$N50 >= 25000 -->
<!-- unSelect <- selection$N50 < 25000 -->
<!-- dataSelect <- rownames(selection[select,]) -->
<!-- dataUnSelect <- rownames(selection[unSelect,]) -->
<!-- projet = c() -->
<!-- organisme = c() -->
<!-- hôte = c('Rice, lineage : 2 ','Rice, lineage : 3','Olium perenne','Olium perenne','Mais','Rice, lineage : NA','Mais','Mais','Mais','Echinichola','Echinichola','Echinichola','Mais','Rice, lineage : 2','Setaria','Rice, lineage : 3','Rice, lineage : ??','Rice, lineage : 2','Setaria') -->
<!-- statut = c() -->
<!-- for (i in 1:length(dataSelect)) -->
<!-- { -->
<!--   organisme = c(organisme,'Magnaporthe oryzae') -->
<!--   statut = c(statut,'Sélectionné') -->
<!--   projet = c(projet,"<a href='assembleSoucheAdel.html' target='_blank'>Assemblage souche Adel</a'>") -->
<!-- } -->

<!-- dataAdel <- data.frame(projet,hôte,organisme,statut) -->
<!-- rownames(dataAdel) <- dataSelect -->
<!-- ``` -->

<!-- ```{r data litterature,echo = FALSE} -->
<!-- file.literrature <- file.path('data-literrature.txt') -->
<!-- dataL <- read.table(file=file.literrature, sep="\t", header=TRUE) -->
<!-- rownames(dataL) <- dataL$id -->
<!-- organisme <- c(rep('Magnaporthe oryzae',76),'Pyricularia pennisetigena',rep('Magnaporthe grisea',4)) -->
<!-- dataL <- data.frame(dataL[,2:3],organisme,dataL$statut) -->
<!-- colnames(dataL) <- c('projet','hôte','organisme','statut') -->
<!-- ``` -->



<!-- ```{r allData, echo=FALSE} -->
<!-- ####################### Toute les données ########################### -->
<!-- allData <- rbind(dataTerrasses,dataAdel,dataL) -->

<!-- datatable(allData,escape = FALSE, colnames = c('Id', colnames(allData)),extensions = 'Buttons', options = list(dom = 'Blfrtip',buttons = c('copy', 'csv', 'excel', 'pdf', 'print'))) -->
<!-- ``` -->